肅順當然不同意這樣的安排，和慈禧之間的衝突愈來愈嚴重。於是慈禧就聯絡為了處理英法聯軍諸事而留在北京、沒有到熱河的六王爺奕訢。因為偶然的因素，咸豐皇帝去世，皇權出現中斷、不確定狀況時，清朝出現了兩個權力中心，一個在熱河，一個在北京，提供了慈禧太后選擇與操控的機會。
祺祥政變與逼退恭親王的隱性政變
慈禧太后派了她最信任的宦官安德海，假裝和慈安太后的貼身宮女雙喜大吵一架，安德海因此被降等逐回北京，不得繼續留在熱河。安德海懷著祕密任務回到北京，透過總管內務府大臣寶鋆傳話，要奕訢趕往熱河。
奕訢以奔喪為名義，上摺要求前往熱河，卻被肅順為首的「贊襄大臣」們否決了。慈禧與慈安只好聯手介入發出密詔，以皇親宗室禮儀為由，終於讓奕訢得以啟程。
奕訢到了熱河後，慈禧要求單獨和奕訢見面，又被肅順以叔嫂戒防為理由拒絕。幾經折衝，才讓奕訢終於能和慈禧說話。慈禧後來再就禮儀問題和肅順商量。依照正式禮制，大行皇帝移靈時，小皇帝必須跟隨，而且從熱河到京師的路程上，每天都有繁複的儀節，才六歲的小孩恐怕吃不消，於是請求讓小皇帝不必緊隨。
肅順同意了。所以兩宮太后帶著小皇帝「由間道先行啟蹕」，「贊襄大臣」則分成兩組，一組隨小皇帝走，另一組─包括肅順在內─要照顧大行皇帝梓宮，在後面由大道回京。
慈禧太后利用先回到北京的幾天時間，和奕訢聯手，發動了「祺祥政變」，將政權從肅順等八大臣手中奪走，八大臣不是被賜死，就是被革職。今天即使是學歷史的，都很少人聽過「祺祥政變」這個說法，主要是「祺祥」這個詞在歷史上消失了。
「祺祥」是原訂的新年號。肅順在政變中失勢後，原先曾被肅順打壓過的大學士周祖培就上奏，檢討「祺祥」這個年號。他考據歷史上從來沒有哪位皇帝的年號用過「祺」字，而「祥」字也只出現過一次，那是南宋早夭、七歲就去世的少帝趙昺的年號。多麼不吉利！
取消了「祺祥」年號，軍機大臣另擬了「同治」為新年號。表面上說是「天下同於治」的意思，但實質上是配合當下情勢，由兩宮皇太后「同治」，或由慈禧太后與恭親王「同治」的局面，總都是貼切的，給予新政局合法性。
在政變中，恭親王奕訢的角色遠遠超過慈安太后，不過他的宗親身分卻給他帶來權力行使上的阻礙。一來，在血緣身分上，他是咸豐皇帝的親弟弟、同治皇帝的叔叔，也就是他是有資格當皇帝的。這樣的親近關係，使得他能夠凌駕肅順，將政權奪過來；但這樣的親近關係，也使得慈禧太后必然對他抱持著警戒，擔心他如果野心更大時，會想要自己當皇帝。
