在巴斯德大學，宮崎研究的是在免疫方面發揮著重要作用的T淋巴細胞，在巴塞爾研究所進行的則是嘗試能否找到新的免疫基因的「尋寶」式研究。那時他「偶然」發現了未知的蛋白質。由於判明這種蛋白質似乎可以讓巨噬細胞「長壽」，於是將其命名為「AIM（Apoptosis Inhibitor of Macrophage/巨噬細胞凋亡抑制劑）」，並於1999年發表相關論文。
業績主義與「專科壁壘」
雖然發現了AIM，但宮崎教授還是沒能完全弄清楚它的作用。
「在巴塞爾研究所時有寬裕的研究經費可以自由地使用，結果發現了AIM。但是，隨後幾年中，我並沒弄明白它在體內究竟發揮著什麼作用，轉到德克薩斯大學時也未發表新的論文。即便如此，大學還是為我提供了AIM的研究經費。一年之後我還獲得了美國國立衛生研究院（NIH）提供的研究費。也許是因為有的評委覺得『這項研究有點意思』吧」。
突破口的打開源於一次大學校園內的「站著閒談」。
「德克薩斯大學是脂肪研究的『麥加』（聖地）。有一天，我在校園裡與膽固醇代謝領域的世界權威教授站著閒談，那時他對我說，不妨也試試使用小白鼠進行動脈硬化的實驗，這給了我啟發。之前我只是一門心思考慮免疫學，所以只是在想AIM也與免疫有關，在小白鼠實驗上也只是調查了AIM存在與否所產生的不同。使用變胖、並引發動脈硬化的小白鼠來做實驗後，我才找到了弄清AIM功能的頭緒」。
拘泥於專科，容易讓視野變窄。我切實感覺到，如果不打掉專科的壁壘，就無法獲得突破。
「我想如果我一直在日本做研究，應該無法將AIM研究堅持下來。因為日本的體制是只將巨額研究費給予那些業已取得『業績』的人，如果沒有發表論文，是無法獲得研究經費的。另外，『不議論別人的研究』是業內常識，於是便沒有打破學會壁壘所進行的自由的資訊交流。即使發現了AIM，也許至今也不能搞清它的作用」。
貓咪為什麼較多患腎衰竭
宮崎原本計畫繼續在美國做研究，但2006年接到當時的東大醫院院長的邀請，就任東大作為促進醫工合作的一環而創建的「疾患生命工學中心」教授。
創立研究室的時候，宮崎請來了世界級別的鋼琴演奏家Krystian Zimerman，毅然舉辦了題為 《Music and Science》的活動。「Zimerman的演奏讓我感受到所謂『獨一無二』的絕對境界。而科學也是一種找到『獨一無二』的真理的工作，所以我想一定要與他聊聊」。
在醫學系的時候，宮崎一度還想退學去走音樂這條路，甚至直接找到小澤征爾請求收他做弟子。這真是只有宮崎才想得出的、跨界的大膽主意。
