蔡英文政府上任後，力推轉型正義。針對各機關所持有之政治檔案，國家發展委員會檔案管理局已啟動徵集，至今已完成第六波徵集，據統計，移轉至檔案局庫房之數量已高達一公里（約1064公尺），「能撈的都撈了」，並供促進轉型正義委員會撰寫「轉型正義調查報告」為用，以利還原歷史真相。
根據《促進轉型正義條例》規定，促轉會應於2年內以書面向行政院長提出含完整調查報告、規劃方案及具體實施步驟在內之任務總結報告；有制定或修正法律及命令之必要者，並同時提出相關草案。
檔案局副局長陳海雄：如機關欲銷毀檔案，須送至檔案局銷毀
針對政治檔案解密、降密部分，檔案局副局長陳海雄受訪表示，如以「228事件」檔案為例，原列為密等一共4622件，在要求機關檢討後，已全數解密；至於「美麗島事件」，原列為密等有2030件，經檢討後仍有23件尚未解密，原因在於原機關依據《國家機密保護法》、《國家情報工作法》等相關規定，認為須予以保密。
陳海雄表示，最近一波政治檔案徵集在去年1至6月，檔案目錄約有5萬餘筆，透過巨量分析，並邀集專家學者實地盤整，已作最完整作業，但仍不排除有零星遺漏，但依《檔案法》規定，如機關欲銷毀檔案，須送至檔案局銷毀，「以天羅地網方式，應可全部涵括。」
不過，因《政治檔案條例》尚未完成立法，外界憂心政治檔案開放仍受限。陳海雄說，在現行法律競合下，檔案局採「最小範圍遮掩，進行最大公開」，只遮掩涉及國安、個人資料保護等不得公開之資訊。
至於促轉會轉寫調查報告是否受影響？陳海雄則表示，促轉會具法律職權，可依法調用政治檔案，可以看到所有東西，「我們完全不遮掩」，「寫報告應該不會有障礙」，但牽涉國家機密、必須保密者，則須取得原機關之認可，「機密這連檔案局都無法看。」
促轉會發言人葉虹靈：調查局線民多數有「代號」、「化名」，只能靠蛛絲馬跡來拼湊真相
促轉會發言人葉虹靈受訪也說，目前檔案局所供查閱之檔案，只要超過30年以上解密年限，絕大多數的「加害者」有被揭露；但加害體系相當複雜，在威權時代有官銜、公職身份，並無揭露問題，但調查局運用的線民，其身份可能是學生，情治單位多以「代號」、「化名」處理，這已單非有無遮掩、揭露的問題，只能靠蛛絲馬跡來拼湊真相。
葉虹靈進一步表示，對於情治單位而言，相當堅持「保護消息來源」，在促轉會調查時，就會出現不同政策目標的扞格（指轉型正義及情治單位的堅持），有一些需要權衡之處，目前促轉會仍與相關單位積極協調。
