海基會董事長林中森為卸任之後鋪路，將籌設「中華民族發展基金會」，傳聞將找海基會董事和大陸台商籌措3000萬元，遭到民進黨立委質疑為籌設「兩岸新買辦集團」。民進黨立委莊瑞雄等人提案在「兩岸人民關係條例」增列「林中森條款」，要求將海基會人員納入類似「公務員旋轉門」規範，條文如下：
「海基會等受政府委託從事兩岸交流之機構代表人或負責人，退離職或移交國家機密未滿三年，進入中國應經過內政部會同國安局、法務部及陸委會審查核准。而退離職後三年內，不得擔任與其離職前五年內之職務直接或間接相關之營利事業董事、監察人、經理、執行業務之股東或顧問。若違反規定，將處二年以下有期徒刑、拘役或科或併科新台幣二百萬元以下罰金」。
莊瑞雄等人希望趕在5月20日之前通過修法，以便嚇阻林中森籌組兩岸基金會，可笑的是，莊瑞雄提案只限制「退離職後三年內，不得擔任營利事業相關職務」，但林中森籌組基金會屬於「非營利事業」，根本不受莊瑞雄修法影響。
問題是，即使林中森不會受到莊瑞雄修法影響，「林中森條款」可能衍生的政治後遺症，卻遠遠超出莊瑞雄等人的預想之外，勢將導致民進黨政府原本就充滿艱險的兩岸關係陷入更嚴峻的困境。
「林中森條款」導致的兩岸困境有四：
一、接受政府委託從事兩岸交流的機構，並非只有海基會，還包括海峽兩岸觀光旅遊協會、外貿協會、兩岸航運協會等等，這些接受政府委託的民間團體成員並非公務員，原本不受「公務員旋轉門」條款限制，一旦比照公務員辦理，必將導致民間團體對政府委託的兩岸交流業務望之卻步。陸委會主委夏立言即指出：「此條款造成的衝擊，會使相關受託單位因為幫助政府從事兩岸交流，反而不能擔任自己的原本職業」，民進黨立委搞出這種「限制不了林中森，反而讓所有民間團體敬而遠之」的兩岸修法，豈不是讓民進黨自尋苦惱？
二、「林中森條款」針對機構代表人或負責人，以海基會為例，將會針對海基會正副董事長、董監事、正副秘書長、各處處長、各室主任等人。問題是，1991年創建海基會，就希望能夠集思廣益，以跨黨派、跨政府民間為組織原則。以第九屆海基會（2015年8月）為例，董事高達52人，其中政府代表16人，政黨代表2人，其他34人幾乎都是台灣最大企業集團董事長，例如台塑集團王文淵、潤泰集團尹衍樑、新光金控吳東進、統一企業羅智先、遠東集團徐旭東、長榮集團張國煒等等。依照民進黨立委提案，如何要求這些大企業老闆在「退離職海基會董事之後三年內，不得擔任與其離職前五年內之職務直接或間接相關之營利事業董事、監察人、經理、執行業務之股東或顧問」？難道莊瑞雄等人要堅持海基會徹底改組，未來將不准涉及兩岸營利事業的民間企業代表擔任董事？
