解決廢水排放 農委會將貫徹「灌排分離」
有鑑於目前多數農地工廠，係透過私接排水管方式，將廢水排入灌溉溝渠等地面水體或是打入地下水，部分縣市農田水利會甚至向大型工業廢水排放大戶收取費用後，將處理後之工業廢水，提供給下游的農民使用。為了解決農地工廠的廢水排放問題，農委會未來也將編列預算，貫徹農地工廠的「灌排分離」。
農委會農田水利處副處長陳衍源表示，行政院自2013年起，推動「灌溉用水保護方案」，目前該方案已經進入第二期，針對各縣市水利會農業大排，工業搭排戶較多之台中、高雄、彰化、桃園、雲林及新竹等6個縣市政府，成立專案小組平台，由農田水利會協助提供「渠道用地」，作為施設廢水排放專管，灌溉溝渠沿線之農地工廠，排放之廢水若有重金屬疑慮者，將要求搭排管線，分年分階段改排。
陳衍源表示，全國農田水利會明年10月將正式改制為準公務機關，改制後，將善盡灌溉渠道管理人之責，避免灌溉溝渠沿線之農地工廠之非法搭排行為，並且輔導農地工廠之搭排廢水，符合「放流水標準」，一旦發現搭排戶，排放超過灌溉用水水質標準之廢水，將第一時間通報環保機關。
新法上路後，「農路拓寬」責任轉交地方政府
另外，在農路拓寬上，吳欣修表示，由於農地工廠申請地目變更為合法建地，其繳納之「回饋金」，係繳入農委會「農業發展基金」，由各縣市農政單位專款專用，在《工輔法》新法上路後，農地工廠聯外道路之拓寬，也將落在農政單位手上。
吳欣修表示，新版《工輔法》上路後，行政院將要求縣市政府，針對境內群聚與非群聚之農地工廠，提出解決方案，包括透過農地重劃、區域計畫變更等方式，協助農地工廠聯外道路之拓寬。
吳欣修強調，過去縣市政府在處理違章農地工廠時，常常忌憚民意代表之關說，不敢執行違章工廠之斷水斷電與拆除，新版《工輔法》上路後，行政院方面已經責成台電與台水，要求2家公司落實未納管違章工廠之斷水斷電，未來如果針對境內群聚與非群聚之農地工廠，縣市政府如果不提出合理改善計畫，內政部、經濟部將以減列補助款方式予以懲罰。舉例來說，如果縣市政府不積極輔導境內之群聚之農地工廠，協助辦理農地重劃或區域計畫變更，卻申請將境內其他農地，變更為產業園區，經濟部與內政部將會予以駁回。
