回到政治大學擔任教職的馬英九，和同校新聞系副教授結為莫逆，此時在民間仍有聲望的馬英九，始終被認為是國民黨挑戰民進黨台北市長陳水扁的最佳人選，黨內的勸進聲不斷，馬英九說了兩百多次不選，卻在最後一刻銜命出征。不過，這次重出江湖，他已經不是軟弱的書生報國，身旁多了金溥聰，所有的選舉策略、攻防手段，皆出自這位獲得百分之兩百信任、快準狠的「金小刀」，也開啟了「一路走來，始終如一」台北市長小馬哥的黃金時代。
馬金體制 打造不沾鍋先生
到2000年，馬英九的手下敗將陳水扁，竟然贏得總統選舉，圍繞在小馬哥身邊的國民黨人，將馬英九視為中興復國的舵手，極力保護這位政治明星，即使任內發生「特別費爭議」，也悉心維護這位「不沾鍋先生」。
要爭取總統大位，恐怕不能光靠「溫良恭儉讓」；來自黨內排資論輩的壓力，接踵而來。連戰是國民黨主席，是馬英九的「老師」，宋楚瑜是同鄉的政壇前輩、親民黨主席，泛藍軍記取分裂的教訓，「連宋合」聲勢浩大、劍指2004年總統寶座，選前的確聲勢看好，大有奪回政權、光復失土的機會。可命運作弄，2004年3月19日，投票前一天發生「兩顆子彈」事件，連宋配以些微票數敗選，連宋配打算提起選舉無效、驗票之訴，馬英九的市府團隊則悄悄地另有盤算，「要馬投入2008總統選舉，還是排隊再等泛藍前輩做完任期？」這是最後力勸集結在凱達格蘭大道示威的50萬泛藍群眾解散的合理解答，也埋下日後連、宋、馬不愉快的心結。
馬英九果真是阿扁剋星，繼台北市長選舉打敗陳水扁後，2008年總統選舉，藉由陳水扁家族貪腐爭議，囊括58.44%得票率、近766萬票史上最高票，擊敗民進黨正副總統參選人謝長廷、蘇貞昌的組合，重新代表國民黨奪回執政權，並在政權交接後立刻收押陳水扁，「馬金體制」以快狠準作風，挑戰國民黨大老文化，也屢屢修理在野黨，馬英九「溫良恭儉讓」的形象已隨風而逝。
馬英九總統無疑是台灣最有權力的領導人，不僅個人超高人氣居高不下，國民黨在立法院席次過半，擁有完全執政的絕對優勢，不過他遭逢的國內外情勢卻也是異常嚴峻。2008年華爾街次貸危機席捲全球，台灣受此波及經濟不振，逼使馬英九政府祭出消費券刺激內需市場；此外，2009年八八水災重創南部數個縣市，災情慘重，重建家園至今仍未完全復原。
性格缺陷 成也兩岸敗也兩岸
2009年馬英九倡議兩岸簽署《海峽兩岸經濟合作架構協議》（ECFA），深化兩岸經貿合作，這也是馬英九引以為傲的重要政績，2010年6月29日，兩岸代表在重慶簽署ECFA 和《海峽兩岸知識產權保護合作協議》，後續貨品貿易、服務貿易、投資保障及爭端解決協議協商也自此展開；直到馬卸任前，共簽署23項協議。不過，成也兩岸，敗也兩岸；在2010年4月25日馬英九與對手民進黨主席蔡英文進行ECFA政策大辯論，以及2012年總統大選，馬英九完勝蔡英文，讓蔡英文兵敗最後一哩路。卻也因為傾中路線、性格缺陷引起黨內政爭，最後民調大幅滑落，埋下國民黨丟失政權的危機。
