仲裁法院認定，菲律賓漁民（如中國漁民一樣）在黃岩島有傳統的漁業權利。而中國在黃岩島及其鄰近海域的活動，已對菲律賓在其專屬經濟區的主權構成侵犯。至於中國執法船艦在該海域隊菲律賓船隻的驅趕動作，則是製造了非法碰撞的高度風險。
本仲裁程序啟動後，中方行為是否加劇了當事國之間的爭端，仲裁庭則表示，其對菲律賓海軍與中國海軍和執法船在仁愛礁的對峙及其可能造成的後果，並無管轄權。至於中國近年在南海大規模建造人工島礁的行徑，則違背了仲裁事件繫屬中當事國應盡的義務。中國在菲律賓專屬經濟海域所興建的人工島礁，除對海洋環境造成無可回復的傷害，也破壞了構成雙方爭端島礁自然狀態的證據。
中國重申不接受 菲律賓：尊重仲裁判斷
仲裁法庭公佈南海仲裁案的仲裁判斷後，新華社立即發布快訊，並強調「中方多次聲明，菲律賓共和國阿基諾三世（艾奎諾三世）政府單方面提起仲裁違背國際法，仲裁庭沒有管轄權，中國不接受，不承認」。菲律賓外長雅賽（Perfecto Yasay）表示：「這個重要的仲裁結果值得詳盡審慎地研究，我們的專家也正在研究這個判決。我們呼籲相關各方保持克制，菲律賓強烈申明尊重這個具有里程碑意義的裁決。」
菲律賓在2013年1月22日，一狀告到位於荷蘭海牙的常設仲裁法院（Permanent Court of Arbitration, PCA）。菲中兩造之間的爭議，主要圍繞在菲律賓認為中國在南海提出的「九段線」（nine-dash line）領土主權應屬無效；以及距離菲律賓約160公里（125浬）的黃岩島（Scarborough Shoal）及鄰近海域是否屬於菲律賓的專屬經濟區範圍。
如果黃岩島屬於不擁有專屬經濟區及大陸架的「礁岩」，該島就會歸屬菲律賓呂宋島的專屬經濟區範圍。菲律賓將可合法在該島附近海域捕魚、探採油氣及進行科學研究。
2013年2月19日，中方拒絕接受仲裁，中國認為菲國的仲裁聲請涉及主權問題，仲裁法院無權審理。中方同時將仲裁通知退還菲律賓。此後北京當局持續重申「不接受、不參與」仲裁案的立場。
同年6月21日，常設仲裁法院根據《公約》附件七之規定，由5人組成仲裁法庭審理南海仲裁案。北京當局不接受也不參與仲裁，然而即使當事一方不出庭或對案件不進行辯護，法庭仍能進行裁決。
台灣外交部當時以「未徵求中華民國意見，菲律賓一方也未邀請中華民國參與仲裁案」表示將對該相關判決做不承認，亦不接受的回應。
