蔡英文總統當選後宣示推動司法改革，民間司法改革基金會重要成員，包括執行長林峰正、立委顧立雄、尤美女等，陸續進入體制內，律師背景的司改會成員大舉佔據改革位置，林峰正甚至可望成為總統府司法改革委員會執行長，對此，司法院副院長蘇永欽表示，司改會等草根性組織的出現，代表社會的進步，「政府的司法改革委員會，應該有民間NGO的聲音，但不該由他們主導。」
前檢察官改革協會發言人陳瑞仁，曾以「民間司改會想死嗎？」為題在媒體投書，批評民間司改會重要成員，在綠營執政後陸續卡位進入體制的現象，批評民間司改會始終未處理「去政治化」問題。
公民運動者 是社會的珍寶
蘇永欽表示，民間司改會等草根性組織，關心社會議題，是台灣進步的現象，他曾在律師節大會上公開講過，先進國家公民運動者，願意犧牲時間投入理念，追求進步的理念，他們是社會的珍寶，但社會運動者最大困難是沒有資源，追求的理念又是少數支持理念，為了達到訴求，常常會「用一塊錢，做十塊錢的生意」，透過新聞累積能量。
他說，這樣的做法無可厚非，也沒有不道德，但國家的制度必須了解運動本質，柴松林曾經說過，運動家講的話你只能聽一半，文明國家的機關制度，是要讓各種公民運動的聲音被呈現，給予他們最大的空間，但不是讓他們成為制度的一部份，否則運動家會把cause（運動目標）與大眾利益（common interest）混淆。
蘇永欽說，律師公會跟很多公協會一樣，因為組織大部分時間，由願意犧牲個人時間參與的少數運動家參與，其結果就是少數人理想，替代所有人利益，很多法案在律師公會強力爭取下，讓立委屈服，立法通過後，多數律師才發現，立法結果將減少其訴訟機會，後來再尋求翻案，類似的案例屢見不鮮。
司改會很多主張很前衛 但和80%利益是違反的
蘇永欽說，組織理論在西方有很多討論，他佩服這些社會運動者，「但制度必須嚴守它的份際，才能形成公共利益，司改會很多主張是很前衛、進步的，但也跟80%利益是違反的（例如廢死），把運動道德化的話。」
蘇永欽認為，司法院未來推動司法改革，必須釐清司法院、法務部等機關，與法扶、律師公會、司改會等運動團體之間合理的關係，「司改應該讓他們提出主張，但不應該讓他們主導。」
