雄三飛彈誤射事件發生不久後，國民黨政策會執行長蔡正元即在臉書發布消息，引起外界質疑軍方內部洩密。而蔡正元12日到案說明表示，「幾萬個人知道的事情是機密嗎？」並且當庭告發行政院長林全、國防部長馮世寬、海軍司令黃曙光瀆職和濫權追訴罪，蔡正元怒批「竟然以洩密案件移送檢方，企圖掩飾雄三誤射事件的責任。」
高雄地檢署偵辦雄三飛彈洩密案，原訂8日傳喚蔡正元出庭作證，不過遇尼伯特颱風來襲，因此蔡正元當日未到。不過，蔡正元12日主動到案說明，強調沒有國防部宣稱的李姓校級軍官洩密給他，是不明人士透過臉書私訊告知，所以當初才會發文說金江艦「據傳」誤射雄三飛彈。
蔡正元也強調，《國家機密保護法》規定得很清楚，違法或失職的事項不能列為機密，雄三飛彈誤射事件明顯是違法失職，根本不能列為行政或軍事機密，且誤射事件發生時，艦上有數10官兵知道、附近艦隊有數百名官兵知道、岸上隊部有上千官兵知道、鄰近港區甚至有數萬名民眾知道，但是林全等人用洩密罪移送此事，移轉輿論焦點，保護自己的官位，「這是不可原諒的犯罪行為」。
另外，蔡正元也在法庭上告發林全、馮世寬、黃曙光瀆職和濫權追訴罪，蔡正元表示，林全等人為了保有官位、轉移焦點，以洩密案移送檢方，觸犯《刑法》125條對明知無罪之人進行追訴，以及觸犯《刑法》134條公務員加重誣告罪，且未於第一時間公佈誤射事實，查明漁船受害詳情，意圖掩蓋的行為昭然若揭，已觸犯《刑法》130條職務廢弛罪，蔡正元更表示，「希望高雄地檢署不要怕大官，早日將林全等三人，繩之於法！」
