行政院組織改造係以「小政府」為目標邁進，以期擺脫過往大政府的無效率、資訊曲解及行政慣性等缺陷，進而打造出小而美政府。然而，在政院組改過程中卻一波三折，使組改無法達到原先目的。若細究根本，則會發現最大的阻力係來自於文官系統的反彈，因此以下將探討何以文官系統會大力阻擋及有效的因應策略方向。
來自於既得利益者的反彈
政院組改過程中，勢必會有裁併機關及人員的情況出現。在此種情況下，各機關及其人員基於本位主義思維，亦即自不被裁併的角度出發而言，皆會卯足全力捍衛其機關或人員之完整性。
就其何以捍衛其既有利益，原因不外乎包括以下三者，其一為政院組改後，機關可運用資源恐將稀少化、其二為機關內部的非正式組織將面臨解散，而此關乎公務人員對於政院組改的態度傾向及其接受程度、其三為對未來新機關願景的不確定性。基於上述原因，既得利益者為免其利益受損，將會採取相關反彈手段。
例如在時任副閣揆朱立倫主持組改事宜時，便曾向時任閣揆吳敦義開玩笑道各部會送來的政府組織改造資料僅供參考用；而其言乃緣於各部會皆不願本身機關遭到裁併，故對之所為組改報告內容相當有限或甚至認為其本身無須裁併。另外，除了近代的政院組改困難外，在晚清庚子後新政由袁世凱所負責的新訂官制（亦即現代的政府組改）亦曾遭遇諸多困難，最嚴重時期尚還發生過軍機大臣及京官集體請假以對抗新官制的形成。
經由上述的兩個例子，不論近代或歷史上的政府組改困難皆共同反映出在政府組改過程中，面對舊有的機關及其人員為捍衛其既有利益所做出的抵制乃至於反撲係在所難免的；然而此種反彈往往是政府組織改造的最大阻力。因此，如何取得政府組織改造的成功及該如何面對文官系統對於捍衛其既有利益的行為乃為關鍵議題。
行政院組織改造新藍圖－22部會
政府組改最核心的概念即組織重組與組織精簡，若能以此為指引進行改革，則政府組改便能有成功的起手式。
政院組改自扁政府時期持續迄今，目前實質上已將由過去39個部會減至33個部會；但若相較於美國15部、新加坡13部或是德國14部，我國政院組改成效似乎便大打折扣。除此之外，我國部會分際混淆，需重新調整。因此，吾人期盼未來的「部」除原有政策制定及執行功能外，尚含政策統合能力；而未來的委員會則專司於政策制定及統合功能即可。
政院若依此改造將可精簡至22個部會，分別為政院部機關有法務部、衛生福利部、勞動部、農業部、內政部（整併原民會及客委會，另成立族群事務署於內政部之下）、外交部（裁併僑委會入內）、教育部（將科技部原具學術研究性質之業務併入）、國防部（裁併退輔會入內）、文化部（裁併故宮博物院於內）、經濟部（科技部的科技研發乃至科技政策制定之業務併入）、交通工程部（交通部與工程會重組）、財政部（裁併金管會入內）、海洋部（未來的海洋委員會升格為海洋部，統籌我國海洋事務）、環境資源部（除將環保署升格為環境資源部並使有關環境業務如原能會既負責有關原子能的監督，則共同合併）；委員會有陸委會（蒙藏委員會礙於憲法，僅得併入陸委會）、國發會；獨立機關仍為中選會、通傳會、公平會；最後其他機關為人事總處、主計總處及央行。
