民進黨政府多次表達「絕不接受」南海仲裁文，其中也因台灣在南海仲裁案中被多次以「中國的台灣當局」相稱，政府指此稱謂「貶抑我國作為主權國家的地位」。學者則對仲裁庭如何處理台灣地位有不同看法，但同意這次的仲裁案像是「照妖鏡」，讓台灣地位在國際上面臨的困境現形。
法務部與台灣國際法學會6日舉辦「南海仲裁案與台灣」研討會。在「南海仲裁案與台灣地位」的議題方面，政大國際法學研究中心研究員宋承恩指出，中國在2014年提出立場文件時曾批菲律賓刻意將太平島排除在中國控制、佔領的島礁外，嚴重違反「一個中國原則」，而前總統馬英九對此沒有異議。
宋承恩：切斷與中國歷史連繫，對太平島主權主張才有主體性
他指出，仲裁庭在訴訟過程中為「太平島屬於第三方」保留了空間，他曾呼籲馬英九政府應介入、參與，但未被接受，不要觸怒中國應是其主要考量。
宋承恩指出，仲裁結果並未直接對太平島做任何實體性的判決，而是在確定管轄權時連帶就相關事實與證據認定其地位，並未對台灣產生任何有拘束力的判決，台灣可主張對我不生效力，不需因「中國的台灣當局」就對號入座。
宋承恩說：「不是說仲裁庭叫我『中國的台灣當局』我就拒絕接受，叫我『中華民國』我就接受。」而是要看仲裁庭的處理，仲裁庭的確有深入考慮到台灣在國際上的位置，在南海的位置，特別是太平島擁有者的位置。
他認為，南海仲裁案可看出海域與領土的爭議是可強制用爭端機制處理的，這件案子是「照妖鏡」，「我們沒有空間不處理在國際司法上，台灣的國家定位問題」，若不要做「中國的台灣當局」，最好的方法是以「第三方」身份介入，而台灣對太平島的主權主張必須切斷與中國的歷史聯繫，才能有台灣的主體。
蔡季廷：仲裁廷並未採取極端「一中法理」
台灣大學政治系助理教授蔡季廷認為，仲裁庭並未完全將台灣的地位視為附屬於中國，在實體審理階段，法官問菲方律師，台灣各種實踐的法律效力是否歸於中國以及台灣是否代表中國，這是最接近處理台灣地位的部分；菲方律師表示，1949年以前的中華民國的行動自應歸於中國，之後則不代表中國。
蔡季廷指出，仲裁庭或菲律賓並未採取極端的「一中法理」看待台灣，例如並未稱台灣為「中國的一省」，雙方都認為「中國的台灣當局」接近於「特殊實體」的概念；而國際上「特殊實體」，在不同場域有多元彈性身份，如同台灣在不同國際組織有五花八門的權利義務，「台灣的定位不可能在南海仲裁案中確定。」
