在民進黨立委提案下，法務部長邱太三正式對外說明，基於「特偵組影響檢察機關內部監督機制；違反行政法上機關與職務不兩立原則；概括條款明訂特偵組事務管轄、違反法律明確性原則；檢察官據有司法屬性、無設置特偵組必要；違反再議程序及案件管考制度」等五大理由，支持廢特偵組，而且若修法順利，在立法院下個會期的十月，成立十年的特偵組就要關燈打烊。
邱太三的理由板板釘釘，言之本來就成理，而且，在特偵組還沒誕生前，這些就是特偵組不該存在的理由，不過，生也政治，死也政治，當司法偵察成為政客的玩具，就無可避免落入「生得尷尬，死得難堪」的下場。
說來諷刺，前總統陳水扁以「向上提昇，還是向下沈淪」，嚴打前總統李登輝執政下的國民黨政權而執政，二千年扁政府就任第一件事，就是七月成立「查緝黑金行動中心」，先辦立委羅福助案再辦立委顏清標案，也頗有虎虎生風之勢，沒想到陳水扁第二任的二００六年就爆發「國務機要費案」，從SOGO禮券到假發票滿天飛，綠營見勢頭不對，拉著馬英九的台北市長特別費，也成一案，藍綠打混仗下，包括沈智慧和民進黨「三寶立委」之一的蔡啟芳等，提案廢查黑並成立特偵組，說來好笑，蔡啟芳曾是「一清專案」的掃除對象，和羅福助顏清標相去不遠，如今提案廢除特偵組的則是蔡啟芳的兒子立委蔡易餘。
辦柯被調查，辦王被判刑
特偵組在二００七年掛牌後，所辦案件洋洋灑灑都是大案，包括民進黨永遠的總召柯建銘，也是特偵組偵辦的目標對象，說來又是一個反諷，偵辦「柯建銘涉嫌花蓮三棧礦場不法開採土石案」的台南地檢署檢察官陳鋕銘，因為與柯建銘「私會」，被當時的檢察總長黃世銘（時任檢審會主委）調查；沒想到，五年後，黃世銘卻因為偵辦「王金平司法關說案」，「洩密」給馬英九，遭判刑定讞。
特偵組偵辦的都是指標性案件，特偵組檢察官難免成為「明星檢察官」，然而要當得起「明星」還是得付出代價的，偵辦馬英九特別費的檢察官侯寬仁，在法院判決馬英九無罪後，還得和馬英九纏鬥他的筆錄實或不實爭議，官司打贏還得面對行政處分的壓力，儘管沒被處分，但他曾經在三年內兩次年終考績被打乙；偵辦國務機要費案起訴陳水扁、自稱是「深綠」的陳瑞仁，沈著從容得多，馬政府就任隔年，低調轉任司法官訓練所任教務組長，算是從政治惡水中順利脫身。
查貪在決心，不在加機關
前大法官許玉秀在二０一三年「馬王政爭」之後受訪時說過一段話：「特偵組就像檢察總長的尚方寶劍。但能不能有效偵辦重大、敏感刑事案件，根本不在於檢察官在基層或在中央，重點在於檢察長是不是有擔當、有能力，是否能夠忠於專業，是否具有實踐正當法律程序的能力。…一個專業紮實、組織靈活的偵查團隊，隨時都能幻化成一把充滿靈性的尚方寶劍。反之，絕對的權力，絕對的腐化，這是特偵組必須廢除最根本的哲學基礎。」此後三年，特偵組除了偵辦中信金控國寶集團涉嫌違反銀行法證交法之外，看不出什麼作用，寶劍即使未如許玉秀形容的破碎不堪，也已經鈍鏽，留之既無用，棄之又何惜？
特偵組自成立以來十年，存廢爭議從沒斷過，政客好其生，政客惡其死，麻煩的是政客還經常輪替，而不論在朝在野都有預算權，都有他們好惡的標靶，邱太三說得好，二００六年設特偵組，二０一一年廉政署，不論是對特偵組查案力度不夠滿意，還是擔心特偵組太有力，最簡單的作法是「加機關」，方便法務部直接指揮，結果卻變成三個和尚沒水喝，查貪在決心不在機關，而查貪「加機關」無用，其他行政作為「加機關」會有多大用處？也值得偏好「加委員會」的蔡英文總統思考。
