近聞綠委提案廢除最高檢特偵組，理由略為與地檢組織疊床架屋、政治不中立、陷入政爭核心等等。觀察特偵組運作現狀，一些指控特偵組辦案違失的情節雖非無據，但要大動作廢除此組織，是否先了解其成立後運作脈絡再作定奪？
我國特偵組制度當初推動時，是沿自設於高檢署的查緝黑金行動中心而來。初設時即屢遭在野的藍營立委掣肘以黑機關為由，要刪其預算。而當該中心配合執政黨完成掃黑金之初步成果，開始偵辦更深入的政經特權犯罪時，反而遭到執政的綠營立委每年提議刪其預算，才有推動常制化的行動。
特偵組初設時，查黑中心成員多人參與，偵查能量強大，時因民進黨政府多員涉及貪腐而民怨沸騰，特偵組陸續偵辦了中藥商及牙醫公會行賄立委案，各牽涉立委3-40人。接著即是國務機要費、龍潭購地、南港展覽館、洗錢、二次金改等環繞前總統陳水扁的案件，這些案件跨越第二次政黨輪替前後，此時偵查步驟逐步深入首都政經圈，元大馬家、中信辜家、國泰蔡家等金控多人涉案，官員層級甚至牽涉府院高層、調查局長，於是便開始有抗議檢察官治國、違反偵查不公開聲浪，甚至設局對承辦檢察官拍照詆譭的風波。
前總統陳水扁被起訴後，旋有監察院以糾正案罕見方式要求偵辦主力朱朝亮、吳文忠檢察官離開特偵組，當時陳聰明總長也順勢改組，原查黑中心成員幾全部撤離，而召募對於政權相對安全的檢察官。司法本來得以破解首都政經圈犯罪結構的機會，即在此政治操弄的煙硝中軋然而止。但陳總長退讓的動作並未換來政權善待，未及半年，當馬政權民調低落時，再度由監察院對陳總長出手，舊案重提其與扁案要角喝春酒，當總統府傳來不支持訊息後，陳總長只有黯然下台。
繼任黃世銘總長，以剛正聞名，但管束部屬苛嚴，以指揮檢察一體之權，對於各地檢署涉及政經社會矚目案件，大小事都管。又鑑於前特偵組的偵查作為報媒皆搶先報導的瑕疵，對於特偵檢察官嚴制出入有如舍監門禁，檢察官的辦案作為實受相當鉗制。
黃總長任內是有重大案績，如司法官集體貪瀆致司法院正副院長下台、行政院秘書長林益世貪瀆案、國安密帳涉前總統李登輝等案等，但仍有質疑聲謂司法官集體貪瀆原為北檢案件，移轉特偵組總長原有猶豫；林益世案是緣於新聞週刊掀起的全民壓力，特偵組對待告發人似有不公；國安密帳則為薛維平檢察官由地檢帶上去之舊案等流言，而且到了執政第四、五年還多在查前朝官員貪污案，故質疑特偵組對當時政權貪瀆辦案不力。雖然如此，黃總長仍有司法官性格，在政權面前之地位，終究不及於迎合執行死刑政策而上台的法務部曾部長，此瑜亮情節終於導致監聽國會議長關說案，本來堂皇正當的偵查動作，因黃總長一時失查的疏失，使自己政治忠誠逾越了司法界線，成為政權的棋子而捲入九月政爭。其個人被起訴下台，檢察界則因政治不中立而重傷公信。
