5月19日，李鵬在電視上發表講話，宣佈北京戒嚴，其措辭強硬，激起示威學生更強烈的抗議。熒屏中，李鵬發狠而為的形象成為歷史定格。
戒嚴期間，李鵬多次不合程序地替代中共中央總書記趙紫陽主持政治局會議。6月23日至24日，中共十三屆四中全會上，趙紫陽被罷黜職位，而李鵬繼續擔任政治局常委和國務院總理。
普林斯頓社會學博士、轉型問題學者程曉農曾說，六四事件前後，從決心鎮壓，到調兵開槍，都是鄧小平一人獨斷，李鵬不過是「奉鄧小平之命搖旗吶喊的馬前卒」。
他還說，與時任中共中央總書記趙紫陽的正義感和開拓精神相比，李鵬不過一個「放錯了位置的普通技術官僚」。
出書為六四辯解
2010年6月，香港新世紀出版社擬定出版據信是李鵬的日記。日記詳細記錄了「六四」事件的始末，揭示中共高層的決策機制如何運作，決策層如何達成一致意見等細節。
加拿大維多利亞大學政治系教授吳國光在未出版的日記序言中寫道，了解六四悲劇為何發生的核心在於，政權在什麼時候、什麼力量、為什麼把民眾自發悼念胡耀邦的請願和抗議活動定性為「反革命動亂」，以及於政權內部不同力量為何圍繞這種定性發生了分歧。他說，李鵬日記的重要意義之一，在於為這些問題提供了第一手材料。
不過，日記最終未能出版。中共總書記趙紫陽秘書鮑彤之子、出版人鮑樸以「版權問題」為由決定停止出版，但外界普遍認為是當局的壓力迫使出版終止。
後來，有細微差別的日記版本在網絡上流傳。由於官方對於六四真相的秘而不宣，不少學者以及民間研究人士在之後的出版物中大多引用網絡版本為依據。
據網絡《李鵬『六四』日記》記載：「動亂一開始，我也做了最壞的估計，就是賠上自己的身家性命，也不能讓中國再度發生『文化大革命』那種悲劇。」
很多關注「六四」的民運人士認為，李鵬試圖在日記中為自己在天安門大屠殺前夕所做的決定做辯解，將責任推卸給當時手握實權的中共最高領導人鄧小平。
2016年，香港民運人士燃燒李鵬的肖像。
力推三峽工程
李鵬在六四後繼續擔任政治局常委和國務院總理。他在任期內領導中國的水利工程建設，更成為飽受爭議的三峽工程的最大推手。
1992年，人大會議以1767票贊成、177票反對、664票棄權、25人未按表決器的結果通過李鵬興建三峽工程的提議。通過票數之低歷史罕見，但工程仍於次年開工。
在官方話語中，三峽工程被認為是，可以為防洪、發電與航運帶來巨大經濟效益的「世紀工程」，實現了毛澤東「高峽出平湖」的革命浪漫主義夢想。
但是，這一工程不僅在大規模移民安置上出現了嚴重的腐敗現象，還因堤壩裂縫的技術問題，對生態環境和歷史文化造成了巨大破壞。
更甚之，三峽工程的很大一部分盈利進入由李鵬家族掌控的長江電力公司。由納稅人資助的工程非但沒有令電費降低，反而增加了。
李鵬與夫人朱琳。
李鵬的女兒李小琳與習近平。
權貴家族
李鵬家族號稱中國的「電老虎」。其妻子朱琳曾任華北電力局外事處負責人。長子李小鵬曾任中國五大發電集團之一華能集團公司的總經理，於2016年起任交通運輸部部長。
李鵬的女兒李小琳曾擔任另一大發電集團中國大唐集團的副總經理，現任澳門電力董事。次子李小勇曾擔任武警水電指揮部政治部副主任，1998年捲入一起金融詐騙案，之後移民新加坡。
李鵬在結束兩屆總理任期後，於1997年連任中央政治局常委，在黨內的地位僅次於時任中央總書記的江澤民。2003年3月，74歲的李鵬卸任常委，淡出政壇。
