國安局近來風波不斷，局長楊國強去留問題一再引發外界關注。高層人士坦言，國安局內部的確存在問題，除局長人事懸宕未決、人員士氣低落，先前在南海仲裁案應變過程中，甚至浮現國安局對美情報工作失靈的危機，這些狀況政府高層都很清楚，也準備著手整頓，唯國安局長人事仍待蔡英文總統最後定奪，相關佈局最近就會明朗。
南海仲裁案 國安局情資不具參考價值
高層人士指出，政府能否有效對外應變和決策，關鍵在於是否獲得正確且足夠的情資，但在因應7月南海仲裁案公布的過程中，國安局事前不僅未提供決策高層任何預警，連上報的相關情資也不具決策參考價值，在情資不足情況下，導致仲裁案公布後國安會應變不及，當時國安會就已感覺到，國安局在對美情報工作上已經出現危機。
高層不諱言，美方這次確實未主動在事前就向台灣打聲招呼展現善意，但國安局仍應有相關情報作為，積極向美了解仲裁案中是否有不利台灣的內容，這次因國安局未能獲得預警情資，導致政府高層一度懷疑美方是刻意隱瞞台灣，嚴重影響雙方互信，但事後檢討，無論美方態度如何，國安局都應該要能發揮對美情報合作和交流的功能。
台美南海問題預先知會 新政府謹慎
高層人士說，所幸台美關係並未受南海仲裁案影響，後來雙方在南海問題上的動作和發言，事前都會善意預先知會對方，新政府也格外謹慎，例如美國國務院關於南海仲裁案的發言，會知我方「是說給其他國家聽的，不是針對台灣」，而我方包括總統登艦為南海護漁的官兵打氣，到後來內政部長葉俊榮登太平島，也都事前知會美方。
至於國安局情報工作失能，是否與局長楊國強去留遲未定案有關，知情人士則不置可否。熟悉內情的人士指出，先前因政黨輪替，加上楊國強早在6月底就對外公開去職決心，因此整個國安局高層人事完全凍結，至今長達半年之久，國安局何去何從，基層都在觀望，情報工作當然連帶受到影響。
王西田聽簡報未接局長 國安局議論紛紛
知情人士指出，國安系統從未見過這麼撲朔迷離的人事佈局，新政府在520上台前，已告知楊國強，國安會前副秘書長王西田將接任局長，而在新的人事人事命令未發布前，楊國強就急著走人，並邀請王西田到國安局裡聽簡報，王最後雖只是拜會未聽簡報，但最後楊沒走人，王也沒來，讓國安局內部對此怪現象議論紛紛。
更怪的是，520新政府上台後，蔡英文總統又特任楊國強為國安局長，但楊當天卻未宣誓，後來府方請楊國強補宣誓，楊又異於過去國安局長單獨布達宣誓的慣例，直到6月20日政權輪替一個月後，才被安排與行政院政務副首長一同宣誓。
