8月31日，香港太子站發生了黑衣人與中年男子對罵，互相打鬥的事件。當天，警察進入太子站執法，他們使用警棍和胡椒噴霧制服乘客，被示威者稱為「元朗事件的警察版」。
香港警方強調，當時有示威者參與「暴力」違法行動和換裝混在乘客當中，前線警員有能力判斷誰是示威者，去採取拘捕行動。但現場目擊者質疑，警方執法時波及普通乘客，質疑警方使用過份武力。
當晚，警方與港鐵以禁制令為由，把記者趕離場，站內一段空白時間令謠言四起，有傷者延誤超過兩小時才得以送院，警方稱是因為站外有示威者聚集，無法把傷者及時送院。
破壞升級
香港太子站事件觸發示威者針對港鐵的行動升級，示威者連續多天在太子站附近抗議，要求港鐵公開監控畫面，號召不買票坐地鐵「跳閘」或是罷搭港鐵向其施壓。
激進示威者在9月連續三個星期日，大規模破壞多個地鐵站，他們在車站內外塗鴉寫上「黨鐵」等字眼，損毀站內的監控系統、售票機、入閘機、防火設施和站台玻璃等等，亦多次有示威者在地鐵站外縱火。
據香港鐵路統計，香港過半地鐵站受到不同程度的破壞，多個地鐵站一度要短暫關閉，損失及維修費估計涉及幾千萬港元。港鐵稱，有關損失不會是調整票價的考慮因素，並計劃額外聘請人員，監察示威者「跳閘」不付費的行為。
港鐵譴責「激進示威者」毀壞車站，感謝警方協助執法。針對太子站的爭議，港鐵公開部分監控畫面截圖，但以可能影響案件調查和乘客私隱為由，拒絶公開完整影片。香港政府多個部門以及港鐵接連就太子站爭議解話，但始終未完全釋除公眾疑慮。
香港警方和建制派同樣譴責示威者破壞港鐵站，他們稱示威者是「暴徒」，將武力升級，「破壞社會安寧」，強調無論有任何政治訴求，均不能將任何違法和暴力行為美化和合理化。香港建制派『工聯會』立法會議員陸頌雄表示，港鐵應該採取「積極措施」，在衝突發生時或之前關閉車站，避免示威者把港鐵站變成「戰場」，或者借港鐵逃走。
溫和民主派人士當中，也有聲音表示，難以理解衝擊港鐵站和向政府爭取「五大訴求」的關連性，但因為溫和示威者不滿政府遲遲不讓步和警方執法問題，以及希望有關方面公開更多太子站的資料，所以並沒有與激進示威者割席（切割）。
據香港學者李立峰、鄧鍵一等人在8月18日香港民主團體聯盟『民陣』所發起的和平集會作的調查，「反送中」抗議者中，74.7%接受示威者將「阻礙地鐵運作」作為抗議方式。
港鐵受到批評
由一些抗議者組成的「民間記者會」發言人批評，港鐵受中國媒體輿論影響，配合警方行動，是「出賣港人」的行為，並警告如果繼續逃避面向公眾，「不合作運動」將會升級。
