香港鐵路公司（港鐵）多年來是香港市民主要交通工具，其運載量大、準時率高，服務和線路設計成為不少其他國家參考的樣本，在中國北京、深圳、上海、英國倫敦、瑞典和澳洲也擁有公共交通運輸的專營權，可說是一間代表香港「走出國際」的重要公營企業。
然而，「反送中」抗議持續三個多月，地鐵站屢屢成為了示威者針對的目標。抗議者發起「不合作運動」，阻止乘客支付車資，破壞地鐵站的進出口驗票閘機和站台玻璃，多次堵塞出入口，以及在地鐵站外縱火，他們指控港鐵屈服於中國的壓力，協助香港警方打壓示威，他們諷刺「港鐵」為中國共產黨服務，成為「黨鐵」。
但港鐵否認受到中國官媒言論的影響，嚴厲譴責示威者不負責任的行為，並形容目前遭到通車40年來最嚴峻的挑戰。
港鐵被捲入「反送中」爭議
「反送中」抗議許多標誌性畫面也是發生在地鐵站，港鐵的應對措施備受爭議。
- 7月21日，香港元朗發生白衣人攻擊乘客的事件，港鐵在白衣人衝入月台後，相關控制中心要求乘客下車，有示威者質疑如果列車及時駛走，可以避免流血衝突；
- 8月11日，警民衝突升級，警方追捕示威者期間，在太古和葵芳地鐵站施放催淚彈，以及在太古站在近距離向在電梯的示威者發射胡椒彈，被指使用過份武力，但警方稱是符合規定。
兩次事件都引來批評，不單是示威者，也包括港鐵員工。
數百名港鐵員工實名聯署，要求公司調查事件，並促請公司譴責警方影響鐵路安全。聯署聲明指，「港鐵過於配合及依賴警方，喪失自主調配車站與列車運作的權力，無肩負保障員工與乘客的安全，有政治不中立之嫌」。港鐵沒有正面回應港鐵員工的聯署投訴，只是稱一直與員工保持緊密溝通。
中國官媒不滿港鐵協助示威者
示威者在多次抗議活動中，經常使用地鐵往來不同的地點，進行「野貓式抗議」。
8月21日，元朗事件一個月，示威者聚集元朗站與警方爆發衝突，期間有人破壞港鐵設施，港鐵宣佈元朗站關閉，並安排特別列車接載包括示威者在內的滯留乘客離開元朗站。
這一個決定觸發 中國官方媒體《人民日報》 和 共青團中央微博 發出評論文章批評，指港鐵「派專列護送，暴徒免費乘車，揚長而去」，質疑為何「黑衣人」能享受「禮遇」。
文章如此寫道：「港鐵似乎陷入了角色迷失，難道這是要跟『暴徒』穿一條褲子？一旦縱容暴力，就是拿公共安全不當回事，就是對廣大乘客不負責任，就是出賣公共利益。」
這篇文章出現後不久， 港鐵向法庭申請了臨時禁制令，禁止有人做出干擾港鐵運作的行為 ，在獲警方批准的觀塘遊行舉行前，以安全為由暫停附近多個地鐵站，其做法引發民主派議員和示威者不滿。在香港過往的大型群眾抗議活動，港鐵甚少關站。
