立法院於今年五月七日三讀通過《國家機密保護法》修正案，中科院卻以行政法人非國防部直屬單位為由，逕將五六九七位涉及機密人員移出入出境管制名單，引發國安高層不滿。
涉密人員出境人數成謎
中科院原想搬開「境管絆腳石」，卻反推落「國安大石」，恐砸了院長杲中興續任的行情，甚至傳出不排除在明年一月大選後提前調整。
疏理這起爭議事件發展過程。立法院於五月通過《國家機密保護法》修正案，涉密人員管制年限由三年延至六年，並納入港澳地區管制和加重罰責；移民署發文法務部、國安局、國防部、海巡署、內政部等單位，要求列管涉密人員。
結果中科院於五月中旬由院長簽核發文移民署與入出境管理局，將原本列管人員先行全數下線移出，改以「內控」方式管制，再以「精準核密」為由，等釐清人員與包商涉密程度後重新上線。
由於作業緩慢，移民署與法務部發文催促，中科院直到十月初才又重新上線約一二七五人，至十月十八日再追加上線共三四七○人。
離奇的是，移民署事後追查，在長達五個月的「境管空窗期」，中科院有三○二人出境，且至香港地區轉機有十五人；惟中科院自行統計，有四一三人次，並無香港地區轉機資訊，雙方數字兜不攏。
嚴德發雖兼任中科院董事長，但事前不知情，等於被架空，感到震怒並要求究責。隨後由常次徐衍璞召開四次審查會，並前往中科院進行專案清查，結果竟發現出境人數增為逾千人，讓國會人士對中科院竟如此「走鐘」直搖頭。
中科院內控走鐘原因不少，爭議重點在於是否適用《國家機密保護法》第三條、《入出國及移民法》第五條等條文規範的法律解釋。
中科院從寬解釋，主張該院是行政法人，非國防部直屬單位，自然不適用相關規定；且基於避免侵害同仁遷徙自由、工作權與增加招募困難，如受境管可提出賠償要求等理由，才會一度下線管制人員資料。
不過朝野立委認為，中科院為機敏國防科技研發重鎮，自應從嚴解釋，當然仍受上述兩項法律條文限制，並非於法無據或有不適用的問題。此外，軍方也主張，在國防部《從事國防事務現職及退（離）職人員申請進入大陸地區作業規定》的第肆點，即已律定適用範圍：「與國軍單位訂定契約，從事國防事務涉及國家機密之個人或民間團體、機構成員。」
解釋從寬，挨批曲解法令
國會與國防部一致認定，中科院當然是上述涉及國家機密的「個人或民間團體、機構成員」，從寬解釋的說法是「曲解法令」、「便宜行事」。況且在一四年六月轉型為行政法人至立法院修法前，境管措施並無問題。
另一件曲解法令爭議在於「精準核密」。中科院引用《國家機密保護法》第五條：「國家機密之核定，應於必要之最小範圍內為之……。」以此為由，讓原本七七．七％列管人員脫離境管名單，第二波上線後，幅度才縮減至三九．一％。
