二○○三年底，遠航跟東方航空攜手合作「台北─濟州島─上海」航線，創下連接台灣到上海只要四小時，打開中國航線市場。
可惜高鐵通車後，瞬間打趴國內線，加上內部經營問題，等不到兩岸直航，遠航就爆發財務危機。○八年五月十二日，遠航宣布因經營高層掏空事件，欠缺資金導致停飛。
由於當時還有幾架飛機在國外，外國機場預期後續油錢可能收不到，不給飛機加油，據說有機長直接掏出信用卡，當場刷了好幾十萬的油錢，才順利把飛機跟人載回台灣。
就在各界覺得遠航沒未來時，○九年十月，樺福集團董事長張綱維宣布入主，經過一年多重整，遠航客機重新飛上藍天，遠航空服員穿著首度曝光的「小三紅鞋」再現航空界。
乘著開放陸客來台順風，遠航稍稍站穩腳步。可惜好景不常，老舊機齡問題揮之不去。不具名的機務解釋，遠航主力麥道MD82/83機型不是不能飛，美洲大陸還是看得到一堆兄弟機，但在亞洲幾乎沒人用，導致各種零件取得困難，常要從世界各地找，多半都從退役機上拆下，即業界俗稱的「拆肉」；零件遠渡重洋來台更要時間；二手零件又不比新品，故障率就相對高。
遠航也曾發生飛到日本後，日方沒有可以使用的拖車「拉桿」，飛機差點無法正常後推到機場跑道。遠航內部人士透露，後來只要飛日本，機腹除了載乘客的行李跟貨物，還會特別帶拖車拉桿，避免機場拖車與遠航老爺機不相容。
更別說後期除了故障導致航班延誤、乘客被丟包事件頻傳，逼得民航局限制遠航飛行時數；遠航砍班太多，又遭民航局連續重罰，創下航空公司因航班數取消，被罰最多錢的紀錄。遠航機隊來不及汰舊換新，又要不停繳新罰單，都是壓垮駱駝的最後一根稻草。
遠航飛機變美軍運輸專機
遠航坎坷命運下，旗下幾架飛機也跟著受苦。曾在台灣暴起暴落的瑞聯航空，兩架開航元老、最「吉祥」的B-88888號，與兄弟機B-88889，在瑞聯快速倒台後，○四年轉入遠航旗下，○五年重上青天。萬萬沒想到又遇上遠航停飛，復飛後再次面臨遠航廢照，兩架「一路發」飛機經歷三次老闆倒閉。
不過，遠航的飛機也有傳奇經歷。曾隸屬遠航一架編號B-27001的757型客機，等不到兩岸定期直航，租約到期就沒再續約。但這架飛機搖身一變，變成美軍運輸專機，是除了空軍一號外，層級最高的專機，任務包括載送美國國務卿出訪。經查詢Flightradar24網站紀錄，這架專機還在使用，可說老當益壯。
再次折翼的遠航，航線、飛機跟員工該何去何從？國內線部分，金門線連接小三通，含金量相對高，可惜遇上武漢肺炎，國內線運量大降。民航局官員私下說，就算星宇航空有興趣，眼下疫情何時能緩，沒人說得準，星宇航恐怕也會打退堂鼓。
至於遠航經營的兩岸線航網，多數是二、三線城市，陸客急凍後航班量並不穩定；遠航的日、韓、越航點，則面臨廉價航空殺紅眼競爭，其他航空公司評估航線體質後，興趣可能不大。
飛機方面，業界人士分析，遠航剩下十二架飛機，包括六架麥道MD82/83與六架ATR72-600客機。MD機型過於老舊，沒有人願意再接；ATR72-600都是租機，時間一到，租機公司就會收走。
空服員不若機師、工程師搶手
遠航有九百多名員工，機師、機務工程師擁有專業技能，加上各國都大缺機師及維修人力，要轉職不是問題；地勤職員在民航局協助下，正在升級經營能量的桃園航勤與台灣航勤，應會予以接收。
轉職最困難的恐怕是空服員，有空服教官私下表示，遠航空服的遴選標準，沒有其他航空公司的招收條件來得嚴謹，眼下又遇到武漢肺炎衝擊，各家航空公司慘澹經營，暫時也不會想要接收新的空服員，較難協助轉介。
細數遠航六十二年的歲月由盛轉衰，從國內線龍頭到二度黯然破產停業，不復返的黃金年代，令人不勝唏噓。
