攤開標竿組織的會員系統便知道，台北捷運由於建設較晚、路線封閉性高、路網單純，在計算行車延誤時具有極大優勢（何況把「延誤」定為「五分鐘以上」，讓捷運公司有許多「調整」空間）。這幾年隨著捷運路網的擴大，台北捷運的口號也慢慢從「第一」變成「名列前茅」，但對需要掩蔽物的台北市政府與捷運當權者來說，每年超過一百五十萬台幣的會費與出席費絕對省不得。
如果捷運本業沒有廢弛，要討論的或許還只有要不要花大錢買包裝做形象。然而負責捷運工程的台北市捷運局與負責營運的台北捷運公司，卻好像誤信了自己編出來的神話，最後隱沒在台北捷運美好城市生活的表相下的，其實是醜態百出的臃腫人事、沒有能力解決急迫問題的組織架構、無法自我維持的財務計畫跟弊端叢生的鉅額採購。
其中最常見諸於媒體的是庶民易懂的人事問題。財訊雜誌在2008年的最後一期裡，便曾大舉揭露台北捷運公司員工與有力人士「近親繁殖」。或許是自認有靠山，捷運公司那位沒有任何捷運或管理相關專業的議會連絡人，便曾在民進黨市議員高嘉瑜召開記者會指控北捷隱匿超高額獎金前，跟著爭議纏身的「工會幹部」闖進市議會民進黨團辦公室踢館，甚至出言恐嚇議員而鬧上新聞。
捷運局也好不到哪裡去，只要不負責實際工程的業務，進用的人就常「湊巧」是「皇親國戚」，而最諷刺的便是捷運局各單位中最複雜的機電工程處，長期指派擔任議會連絡人的員工，為市政圈人所熟知的「專業」是唱歌，並以與某幾位單身女議員關係良好而聞名。
這樣的台北市政府捷運團隊當然辦不成什麼實事。比如2009年時，民進黨資深議員周柏雅指出台北捷運在納莉風災後雖然全面提高防洪標準，像當時尚在新建的東門站因為是紅橘兩線的交會點，便設計了高達八座的防水隔艙閘門。但台北捷運初期路網新建時因為沒有整體防洪解決方案，因此還有四個防洪缺口未解決。
偏偏這四個未解決的缺口，所威脅的正是台北最重要的交通樞紐台北車站。而更嚴重卻諷刺的，則是當洪水若不幸再次灌入捷運隧道，不但台北車站的轉乘功能有癱瘓風險，因為捷運局行控中心與之相連，就算後來蓋的捷運路線都已考慮過防洪，還是會因失去行控中心而全面停擺。而因為交通局的交控中心就在旁邊，這時就算要趕緊調度地面交通疏運，全市的交通管理中樞還是可能動彈不得。
不過，僅管市政圈公認最具市政專業的議員已明確指出該優先補救的，是藍線在江子翠至龍山寺間與橘線在頂溪與古亭間的過河段，而台北市政府也承認缺口確實存在，但面對外界常沆瀣一氣的捷運局與捷運公司高層，遇到麻煩事就開始互踢皮球，推說因「初期路網完工多年，已無預算」所以沒錢弄，卻忘了自己明明可以編預算。而其實捷運公司向來也不希望在列車收班後，進行磨軌等必要措施外的任何工程，以免向來寫得好看的報告數字變差、橫生枝節。
