當事人主義在過去二十多年成為司改的主流，甫上任的大法官黃瑞明先生在其履歷上還特別強調擔任台北律師公會理事長期間，參與並推動刑事訴訟制度改採當事人進行主義，納入正面的業績表現，享有保障被告人權的美名。
然而，當事人主義果真如此美好？何以在現實上無法取代法院依職權調查的需要。縱使刑事訴訟法的主管機關司法院，宣稱已採取當事人主義，還是得自我貼金地標榜是改良式，法院不但必須在公平正義之維護，或對被告之利益有重大關係之事項，應依職權調查，更重要的是，除前述事項外，「得」依職權調查（刑訴第一六三條第二項）。所以，就算最高法院101年度第2次刑事庭會議決議扭曲文義地把法條中所謂的「公平正義之維護」限縮在有利益被告之事項，其意義亦不在於阻礙法院依職權調查，而是讓法院在決定是否調查時有更多的彈性，查或不查都行，較不用受到違反調查義務為由的上訴指摘。說穿了，就是從事審判的法院怕麻煩，想讓自己方便行事。具有修法提案權的司法院，也不敢真正掛起當事人主義大旗，理由或許在於背離人民對於法院致力發現真相的期許，就乾脆弄個混水摸魚的「改良」口號，一方面討好眾人，二方面也讓法院便於行事，淡化法院發現真實的義務，卻不影響其權限。
如果刑事訴訟法的立法提案機關是法務部，在行政院整體內閣必須顧慮民意的考量下是否還會制訂出如此便於法官行事的立法提案？司法院這種幾乎由現任法官組成的司法行政機關是否太考量自身辦案利益？此一兄弟獨創的刑法由法務部提案，檢察行政隸屬於法務部，刑訴由司法院提案，法院行政隸屬於司法院，很容易在各自本位的思考下，互相攻伐，弄出割裂整體刑事政策的立法，而無法釐清權責。所謂的「審檢分立」在於法院與檢察官在刑事訴訟程序的角色分立，不該是輔助兩者的司法行政系統必須分立，更非對立法政策的提案分立。尤其，司法院尚屬最高審判機關，有解釋法律是否違憲之權，自己提案的立法涉及違憲，是否應該迴避審查？此係司法改革的重要問題，不知國是會議的女士先生們是否注意？
倡導當事人主義的人士最強調無罪推定，與檢察官應負舉證責任。然而，何謂無罪推定？又所謂舉證責任內涵為何？此一似乎不言自明之理，常常流於口號，缺乏具體檢證標準。事實上，不論強調法院是否應盡調查義務與否，在審判確定被告有罪以前，都應推定無罪（刑訴第一五四條第一項），而不能僅憑犯罪嫌疑就使被告受到類似刑罰的待遇（大法官釋字六六五號理由書）。甚至可說，就是因為推定被告無罪，才須由檢察官在偵查中、法院在審判中履行調查義務，不然該課被告反證自己無罪的義務。
