爭點二：「主輔異位」 巨蛋園區內商業超過文化體育用途？
大巨蛋的爭議項目繁多，其中，就連外人看來都「怪怪的」項目，即是「這不是體育園區嗎？怎麼這麼多商場？」
對此，公民團體在官司中辯論稱，本BOT是屬於「文化體育設施使用為主，商業休閒遊憩為輔」之特定專用區，商業設施僅能「附屬」存在，否則就違反《都市計畫法》38條，然而，經查2011年6月24日都審定稿版，巨蛋及附屬設施之樓地板面積應維持12萬2384平方公尺，附屬事業不應超過20萬2610平方公尺，顯然該以「樓地板面積」作為判斷是否有體育與商業「主輔異位」的依據。
民團繼續表示，都審委員曾表示，「12萬5000平方公尺的商場空間，旅館佔11萬2000平方公尺遠超過巨蛋的開發量，體育在哪裡？」「商場比體育設施多，已經不是附屬設施，是主從互換」、「商業區比例問題…本區並非商業區」，且以樓地版面積計算，商業樓地板61.48%，確實大於文化體育設施量體38.52%，市府安檢結果也顯示，不當的商業量體已造成公安疑慮。
不過，對此，遠雄與市府方面意見相似。均稱非僅以「樓地板」作為「主輔」衡量標準，應依據「建蔽率」（市府以「土地使用面積」用詞）來衡量，主要理由在於大巨蛋是挑高建築，有大量作為運動使用但卻未計入的樓地板面積，而中庭花園與廣場也未計入樓地板，因此，樓地板面積計算無法反映大巨蛋內及文化古蹟之功能及目的設置。
遠雄稱，若以建蔽率計算的話，整體園區的建蔽率為54.43%，低於法定上限的65%，體育館建蔽率為31.36%，商業設施23.07%，因此，體育館建蔽面積為商業設施的1.36倍，沒有違反《都市計畫法》38條。
市府補充，大巨蛋園區內的商業設施的面積僅佔10%，體育文化佔89%，足見並無商業喧賓奪主，主輔異位的情形，還說，本來即未設有文化體育設施量體必須大於商業的限制，更不該以二者量體大小作為主輔關係的判斷，也反擊民團，「樓地板面積判斷云云，顯屬無據」。
爭點三：忠孝東路退縮「一車道」，卻不符主要道路寬度？
民團指出，根據「台北市原菸酒公賣局松山菸廠土地為特定專用區細部計畫」，「沿光復南路及市民高架道路部分，得提供商業服務設施使用…」，但忠孝東路側卻也有旅館及辦公大樓等商業服務設施，與細部計畫不符。
市府方面表示，忠孝東路屬北市重要商業發展軸帶，故設置商業旅館及辦公大樓符合發展定位，無違反細部計畫之規定，且僅大樓側邊面對忠孝東路，非正面面對，建物與忠孝東路間也有廣場，不能認定就在忠孝東路側。
