大巨蛋建照撤銷於台北高等行政法院審理中，明日即將宣判，此判決攸關大巨蛋是否會成為全台最大「違建」，由松菸公園催生聯盟發起人游藝及巨蛋周邊里長等共10人，於2013年對郝龍斌領導的前市府提告，柯文哲上任後，承繼此爭訟，市府與遠雄聯手抗民團，在3月的台北高等行政法院中，稱民團提出的諸多爭點與撤銷建照法律訴訟無關，但民團回擊，這些爭點指出了市府是依據不實或有瑕疵的資料來核發建照，雙方爭執不下。
對於原告民團提出的爭點，與被告北市府及參加人遠雄同在法律訴狀中詳答，後半部整理如下：
爭點七：市府先稱對捷運及古蹟影響在容許範圍，後卻造成嚴重毀損，前後矛盾？
公民團體稱，都審報告提及「開挖對古蹟之影響性應可合乎保護準則之規定，施工對古蹟之影響應在容許範圍」，「應可確定古蹟於本案開挖過程中之安全性」，最後卻造成古蹟多處受損，當時的環評委員詹長權曾表示，「…評估是否依原案開發，或是要縮減開發量體和強度以免古蹟及周圍環境受到危害…」，委員劉益昌也說「應承認大巨蛋施工的確對古蹟造成相當的毀損…」而都發局函也確曾提到「…施工期間造成…捷運隧道產生裂縫…」基此，民團表示，顯然，建照核發是基於遠雄不正確資料提供下的行政處分，應予撤銷。
市府方面沒有對此做訴狀回應。遠雄方面稱，松菸古蹟及其下地質層本就軟弱，未施工前煙囪就已傾斜1/89，遠雄先以鋼板固定支撐，後又因為地震與豪雨，傾斜超過行動監測值，遠雄提送扶正計畫，文化局審查通過，隨即扶正完成。市府還稱，都審的決定是依據當時的事實及法律狀態作判斷，不得以事後狀況來推論之前結論，否則形同事後諸葛。以古蹟本就脆弱，且已做出補強，反駁民團的控訴。
爭點八：前都審處分有瑕疵，後建照處分則失效？
民團指出，市府違反都市計畫法38條，大巨蛋園區在土地使用分區上屬「特定專用區」，建物不得違反其特定用途，否則牴觸該法，而環評法17條稱，「開發單位應依環境影響說明書、評估書所載之內容及審查結論，切實執行」，這兩條若違反，均有罰則，因此，可以說屬於「強制規定」，民團表示，依照實務見解，違反都市計畫法38條，不得核發建照，且開發行為如與環評審查結論不符，同樣不得核發建照，可見當前的大巨蛋建照「直接」違反強制規定，又據最高法院98年度509號判決精神，都更處分如有瑕疵（委員應迴避而未迴避），依「違法性繼承」之法理，建照處分同有瑕疵，應予撤銷。
遠雄辯稱，都審與建照核發是屬於兩個不同的行政處分，假設都審處分有瑕疵，建照處分是獨立處分，因此，建照不受影響。市府則表示，都審核備與建照發放是分別兩個獨立之行政處分，都審未經撤銷前，仍屬有效，因此，對發放建照的機關仍有拘束力。
