爭點九：建照處分的前提要件有瑕疵，影響建照效力？
民團指出，「建築物防火避難性能設計認可」是核發建照的「前提要件」，但大巨蛋案於2011年6月23日最後一次認可會議時，委員就提出諸多問題，可知未達足以做成判斷之程度，當次要求核發評定書前，應依討論意見修正，但委員卻快速於2天內，就陸續簽署同意書，內政部也於4天後的27日就核發認可通知書，速度相當快，是否依照會議中的決議辦理後續應被注意的項目，起人疑竇，且當時還沒有完成審議，卻甚至預見將來大巨蛋園區需再變更設計。
遠雄稱，性能審查與都審無關，最終版計劃書已經由營建署台建中心性能審查委員於2011年6月24日簽認已修正完成，且核發評定書。且營建署也在認可後核發「建築物防火避難性能設計計畫認可通知書」，可見核發通知書的構成要件效力是存在的。
另外，民團也指控遠雄巨蛋公司涉嫌變造資料來申請建照。經民團比對遠雄於申請建照時檢附的會議記錄，以及台灣建築中心的同次會議記錄，遠雄版多出了「並於開工前完成認可作業」文字，有涉嫌變造審查資料來獲得大巨蛋建照的嫌疑。對此，市府與遠雄方面都沒有回應。
爭點十：結構審查只有「預審」沒有「正式審」？
民團指出，大巨蛋為特殊結構，時北市府都發局認為有必要委託「結構外審」。在結構預審時，准予通過，建照隨即在7天後核發，卻未經過「正式審查會議」，可以推測，預審會上做成的相關建議，應尚未處理，卻據此核發建照，「有處分出於不正確的資料或不完整的陳述之瑕疵」。
遠雄稱，於預審完成後即可取得建照，因為根據《台北市建照執照申請有關特殊結構委託審查原則》第6點，申報開工前完成正式審查即可，所以預審完成即可取得建照，無須於取得建照時審結，建照核發無瑕疵。
市府則辯稱，結構預審時委員的建議，遠雄須於將來提出結構細部設計時說明，否則不得放樣堪驗、施工，市府方面稱，此行政作法不會影響公共安全，僅是將細部結構設計審查時程往後延而已。
爭點十一：建照設計人徐少游是否影響建照效力？
根據〈台北文化體育園區委託規劃服務契約〉第7條第9款，限制執行人員從事與規劃案有關之商業活動，且〈政府採購法施行細則〉38-1-1條提及，「提供規劃、設計服務之廠商，不得參加投標、作為決標對象或分包廠商或協助投標廠商」，但建築師徐少游卻擔任建照之設計人，建照核發顯然有重大瑕疵。
對此，遠雄方面回應，大巨蛋是BOT，依照的是〈促進民間參與公共建設法〉，且徐少游擔任協助檢討國內法規與行政審查流程，不得因徐曾擔任本案初期可行性評估就認就認定建照違法，且徐簽訂的服務契約與計畫可行性評估無關聯，就算有關聯，該契約也已期滿失效。
