台南市鄭成功祖廟於29日舉行延平郡王開台356周年中樞祭典，內政部日前宣布部長將不再擔任主祭，因此今天首度由台南市長賴清德主祭，打破長達54年的中樞主祭慣例。鄭成功祖廟對此表示，國家祭典形式與規模是政府職權，廟方對此表示沒有意見，但希望不要以「迫害原住民」等說法汙蔑鄭成功。
台南市延平郡王祠上午9時開祭，賴清德表示，西元1661年鄭成功登台，開始一系列開台治理工作，今天他以院轄市長的身分擔任主祭，和來自姊妹市金門縣、日本平戶、福建廈門及福清、馬來西亞各界貴賓齊聚一堂。鄭成功串起台南和世界各地與其他縣市的交流，他非常期待各國貴賓以及全國宗親與信眾，在往後每一年的中樞祭典都能蒞臨台南。
鄭成功開台356週年中樞祭典，在也是半世紀來首次由市長主祭，內政部長不再擔任主祭官，政府這種決定，引起鄭氏宗親和信徒不滿，鄭成功祖廟日前更揚言不排除抗爭。
根據了解，原民團體近年來呼籲政府正視鄭成功迫害平埔原住民的歷史，總統蔡英文去年8月以國家元首身分對原住民族道歉，蔡提及「荷蘭及鄭成功政權對平埔族群的屠殺和經濟剝削」，原住民立委谷辣斯．尤達卡今年3月在立法院質詢，也要求內政部長葉俊榮不要再去「拜鄭成功」。
據《自由時報》報導，葉俊榮答詢時未明確回覆，但指出台灣是多元文化社會，政府長年以來的作法也許會讓少數人不舒服，他會將各文化的感受放在心裡。內政部事後以「同理心」為考量，決定部長不再擔任主祭，報請行政院核定改由地方首長主祭。
台南市鄭成功祖廟主委鄭有懋表示，今年新政府考慮多元族群發展，取消中央主祭延平郡王，廟方沒有意見，但說鄭成功屠殺很多原住民，將鄭成功與日、荷等殖民侵略拉在一起，他和許多信眾無法認同，也不滿，要求立委拿出證據，而許多團體、廟宇及信眾都有許多意見。
鄭成功被汙名化一事已不只是鄭成功後代不滿，全台各縣市有300餘家奉祀開台聖王的廟宇，也都感到氣憤，他們認為中央政府不願派官員主祭沒關係，但公開宣布以原住民被鄭成功迫害作為理由，是挑撥族群間的情感。
對此台南市長賴清德則表示，鄭成功中樞祭典依舊存在，只是由院轄市長代表主祭，院轄市長可以列席行政院會，直屬行政院所轄，位階不低於行政院任何一個部會，也就是說，中樞祭典委由院轄市長擔任主祭是合乎禮節的，大家不必走上街頭去抗爭。
台南市文化局長葉澤山對此表示，已接獲內政部函知，將由市長主持祭典。葉認為，重要歷史人物的功過各有不同見解，鄭成功的歷史評論，學界與原住民朋友也是各有論述，重要的是我們的歷史教育，應該培養下一代多元史觀，自主判斷，這才能中立客觀，忠於歷史。
