武漢肺炎（新冠肺炎）病毒起源眾說紛紜，各方將矛頭指向中國武漢華南海鮮市場，認為那裡是新冠病毒發源地。世界衛生組織堅稱新冠病毒源於自然，美國公衛權威佛奇博士明確表示，病毒是由動物傳染給人類，不是人造病毒，也有研究指出「中間宿主」將野生蝙蝠身上的新冠病毒傳給人類。不過，科學家表示可能永遠找不到真正的中間宿主，這表示人們可能永遠無法得知第一人的感染途徑。
病毒「外溢」
傳染病專家一致認為，與大多數的人類疾病一樣，新冠病毒在一開始跨物種傳播時並未被發現，英國倫敦動物學會（Zoological Society of London）康寧漢教授（Andrew Cunningham）表示：「由於人類近年侵入野生動物棲息地，人們與野生動物的接觸增加，也更常利用野生動物，導致這些疾病更頻繁出現。」康寧漢指出，專家其實早已預期這種跨物種傳播的疾病會發生。
新冠病毒從野生蝙蝠身上跨物種傳染給人類，必須擁有「解鎖」並進入細胞內部複製的能力，而新冠病毒似乎已掌握那把「鑰匙」。英國格拉斯哥大學（University of Glasgow）羅伯森教授（David Robertson）表示：「新冠病毒掌握的『鑰匙』是『棘狀蛋白』（spike protein），而人類細胞的主要鎖是受體『血管緊張素轉化酶2』（ACE2）。」羅伯森指出，新冠病毒能順利打開「ACE2」，進入人體細胞，而這也解釋了新冠病毒能輕易在人際之間傳播的原因。
中間宿主目前仍是謎
有研究指出，野生蝙蝠身上的新冠病毒跨物種傳給人類，而許多人認為，中國武漢華南海鮮市場是新冠病毒發源地，野生動物市場交易成為病毒「外溢」（spillover，病毒從非人類的動物傳播給人類，並適應了人際傳播）潛在源。
不過，現在科學家尚未找出將野生蝙蝠身上的新冠病毒傳給人類的「中間宿主」動物，目前也不清楚「中間宿主」動物是否曾在武漢華南海鮮市場遭到買賣，研究人員也還沒在市場上發現帶有這種病毒的動物。
科學家尋找「中間宿主」時，發現線索指出鼬、雪貂、烏龜可能是中間宿主，也在穿山甲屍體上發現類似的病毒，但結果顯示這些物種與這次疫情爆發無關。英國劍橋大學（University of Cambridge）伍德教授（James Wood）解釋說：「最初的群聚感染與華南海鮮市場有關，這是間接證據。」
伍德教授表示：「傳染可能來自其他地方，只是偶然在（華南海鮮）市場的人們身邊聚集。不過，有鑑於它是動物身上的病毒，因此這強烈暗示與該市場有關。」
倫敦動物學會康寧漢教授贊同伍德教授的說法，並解釋說野生動物市場是動物疾病尋找新宿主的熱點：「在惡劣的衛生環境與福利條件下，通常不會相互靠近的大量物種混雜在一起，這讓病原體有了跨物種傳播的機會。」
武漢肺炎疫情爆發後，各國民眾要求禁止野生動物交易的呼聲越來越高，但這並非易事。劍橋大學伍德教授說：「人們採取各種行動禁止一切動物交易，禁止與野生動物的一切接觸，但通常這些措施其實是懲罰世界上的窮人。許多情況下，推行類似措施將讓（野生動物）交易變成地下交易，這導致人們更難做任何事。」
