但健保署未優先處理極端違法案例，而是把所有的自付差額醫材定價混合處理， 即取各醫療院所採購價中位數，再加20%為作為院方管理費為核定價格，再減掉健保署給付的價格，就是民眾自付差額的上限。或許有人認為，醫院有20%的管理費連同利潤應該已經足夠了，卻忽略了礙於各醫療院所的議價能力、籌碼不同，其醫材採購價格往往也是天差地別；換言之，健保署新制或許砍掉了部分醫院不合理的利潤，卻也可能讓部分院所血本無歸。
其次，健保署新制核定價格分組是以「功能」取向，即同廠牌或不同廠牌被認定為同功能的醫材，都有可能予以核定相同價格。然而醫材市場的實際情況並非如此，因為就算是同廠牌同功能不同型號的醫材，也常隨著研發上市時間不同、設計與材質細微變化等因素，有著不同的成本與定價，遑論不同廠牌的產品，如此強硬的差額上限「天花板」，難怪不少醫院要被壓得叫苦連天。
所以台大健康政策與管理研究所副教授郭年真建議，健保署的自付差額醫材上限政策，初步最好能改以縮小各醫療院所同廠牌同功能同型號醫材差額為目標；另方面，醫療院所與醫材廠商若認為健保的統一核定價實在不公平，也可考量申請退出健保部分給付，讓產品回歸不受健保管轄的全自費醫材之列。
朱益宏透露，健保署新制內容雖經支付標準共擬會議各方代表審核通過，但總計8大類、352項自付差額醫材的核定價格與差額上限，共擬會議竟只有1天的時間可以討論。又健保署宣稱至少花了1年半的時間，就自付差額醫材功能分組一事諮詢專家學者及各專科醫學會，但事後卻有醫學會跳出來大喊從未接獲健保署相關公文，抑或被徵詢時全然不知事關自付差額醫材上限，在在證明健保署的溝通方式有瑕疵。
醫材上限醫師群起反彈 健保給付偏低仍是關鍵
無論自付差額醫材有無上限、上限是高是低，說除非是醫師自己經營的診所，否則採購醫材的是醫院，決定售予病人醫材價格的也是醫院，此政策與第一線執刀醫師的關係似乎不大；醫事人員民間團體醫勞盟也再三聲明「自付差額醫材差額的收取， 與醫師的薪水完全無關」，那麼為何健保署公告一出，不少醫師竟反彈的比醫院經營者還劇烈，而蔡英文個人群組的醫師粉絲甚至有人揚言要發動集體退群組抗議？
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問題根結在長期以來，健保礙於財務問題，對醫師的專業給付包括診察費、手術費給付標準都嚴重偏低。以目前醫師診察費平均200多元為例，就常讓不少醫師自嘲專業價值連美容沙龍的設計師都不如。更甚者，在健保總額預算控管下，醫師領到有限的診察費、手術費平均還要打9折，凡此種種，都種下了國內醫師對健保滿意度只有20至30%，與民眾對健保高評價形成強烈對比。
日前，在醫界群情憿憤的情況之下，陳時中不得不親自出面替自付差額醫材上限政策喊卡。看在多數民眾眼裡不禁傻眼，健保署不是說訂定自付差額醫材上限是為民眾的荷包著想嗎？怎麼醫界一反彈，政府就縮回去了呢？
然而，倘若健保署果真收回新制政策，或經過更完善的溝通後，重新修正公告醫界普遍都能接受的自付醫材差額上限，多數醫師是否就此力挺健保？醫界對健保的心結，從來就不只有自付差額醫材上限的政策而已；健保署、衛福部乃至於在上位者若不能洞察真正的問題關鍵所在，拋開民粹合理調整健保費率，並徹底改革健保部分不合理的制度，以後鐵定還有得吵。
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