基本法委員會前副主任兼香港前律政司司長梁愛詩認為，暫時未清楚什麼是「特定情形」，但如果案件涉及特首或香港主要官員，又或是一些涉及「疆獨」、「藏獨」、「香港不熟悉的國際事件」等等，則會由中央處理案件。
2. 新增駐港國安公署和顧問
根據公布的法律草案，北京將會設立「駐港國安公署」，其職責為：「分析研判香港特別行政區維護國家安全形勢，就維護國家安全重大戰略和重要政策提出意見和建議；監督、指導、協調、支持香港特別行政區履行維護國家安全的職責；收集分析國家安全情報信息；依法辦理危害國家安全犯罪案件。」同時，中央會指派一名國家安全事務顧問，為香港設立的國安委員會提供意見。
中國全國人大常委譚耀宗表明，公署是人大常委授權在港設立的機構，並非《基本法》22條中所指的「中央所屬各部門」，即是不受「不干預香港特區」的條文規管。
《基本法》22條原本訂明，「中央人民政府所屬各部門、各省、自治區、直轄市均不得干預香港特別行政區根據本法自行管理的事務」，港府以往把中聯辦、港澳辦當成「中央所屬部門」，但在近期則澄清兩辦代表中央，不受22條規管。
香港大學法律學者陳文敏評論說，這種說法等同認為公署可「直接干預香港問題」，是「凌駕於香港的組織」，「可以指指點點香港政府如何做事，幾乎由他們管治」。
香港大律師公會副主席葉巧琦擔心，駐港國安公署地位似「超然」，「有什麼可以監管它？（公署）又有司法、執法權，關係到你我的人身自由，是否不需要守香港法律？」
她又認為，中央指派的國家安全事務顧問，如果在案件中提供意見，可能會影響律政司的司法獨立的刑事檢控程序。
香港民主黨立法會議員涂謹申認為，「顧問」代表中央，猶如大陸由政法委書記指導國家安全的工作，是「最高權威」的「太上皇」，相信一旦干預某些決定，港府「最後一定要聽他說」。
香港前律政司司長梁愛詩認為，這名國安顧問不是「太上皇」，並非擁有「無限權威」，如顧問提供的意見不適用，委員會未必一定採納，強調委員會顧問不可以直接行使權力。
3. 《國安法》會不會凌駕《基本法》？
新華社的香港版《國安法》草案提到，香港本地法律若與港區《國安法》不一致，則《國安法》的規定適用，而該法的解釋權屬全國人大常委會。
全國人大常委譚耀宗表明，港區《國安法》是中央立法，放進《基本法》附件三，與香港本地法律層次不同，對本地法律有凌駕性。
香港大學法律學院首席講師張達明擔心日後即使港區國安法與《香港人權法案條例》有牴觸，香港法庭都不能裁定條文違憲。港大法律學者陳文敏稱，香港法院審理有關案件時，無可避免會涉及法例解釋的問題，但法院似乎未見有最終解釋權，需要由人大釋法。
