（一）2000年台糖與行政院開發基金投入80億
2000年5月，台糖入股台灣高鐵50億元，成為高鐵公司最大股東。隔2001年6月，高鐵公司亦爭取到行政院開發基金投資30億元。至此，台灣高鐵公司的資金來源，在股東出資部分共籌得499.9億元（原始股東419.9億元、台糖50億元以及行政院開發基金30億元）；而在融資部分有3083億元（政府中長期資金支應2800億元，銀行自有資金支應283）億元；另外有28億元的興建期利息收入。總計高鐵當時總資金為3610.9億元，政府保證連貸以及投資部分2880億元所佔的比例高達80％，而原始股東出資419.9億元僅佔12％，遠不足其於1999年底所約定的20％。
（二）2002年，8家公股銀行及中央信託局認購173億元特別股
為限制政府枉顧風險控管而繼續溢注高鐵，2002年6月14日立法院在審查國營事業預算時，朝野就是否繼續投資高鐵進行對決。院會在國、親兩黨主導下表決通過兩項決議：包括：國營事業不得再投資高鐵，以及要求高鐵公佈發包明細。另有三項提案則因部分在野黨立委倒戈而被封殺。被封殺的提案包括：一、政府因從事擔保、保證或訂定契約可能造成未來會計年度支出，須經立法院審議通過始得辦理；二、超過三百億元的BOT案必須專案立法；三、台高與歐高之仲裁損失必須由官股投資前的原始股東負擔。另有多項與台灣高鐵相關的決議，在未經表決下通過，包括：一、台糖不得再投資高鐵；二、行政院開發基金不得再投資高鐵；三、台糖應依股權比例，取得台灣高鐵至少六分之一（現有十二席之二席）的董事席次，現有三席監事席次，由台糖董事長及開發基金副主委代表取得二席；四、台灣高鐵若營運失敗，政府依據合約不得不買回時，原始得標之股東，或其任何一家股東所轉投資的事業，不得再參與未來任何有關高鐵沿線土地開發、沿線通訊等工程設施。
不過民進黨政府對於立法院決議毫不放在眼裡，遂在「投資」與「出資」上大玩文字遊戲。2002年9月，高鐵打出5%高股息為誘因，招募特別股，在政府主導下，8家公股銀行及中央信託局認購共173億元。對此，監察院調查報告曾指出：財政部修正「商業銀行投資有價證券之種類及限額規定」，增訂商業銀行得投資「固定收益特別股」，各公營及公私合營行庫旋即投資高鐵公司計一百七十三億元，財政部大開方便之門以挹注高鐵公司，招致非議，實有未當；又公營行庫為拖延立法院監督之時間，將上開投資不當認列為短期投資，不僅傷及公營行庫財務表達之正確性，且得以短期拖延補辦預算，財政部因循寬假，為使公營行庫迴避立法院監督、拖延補辦預算程序，以挹注高鐵公司，竟罔顧預算法及一般公認會計準則之規定，坐視各公營行庫以「短期投資」科目認列，確有違失。而財政部坐視公營銀行或公民合營銀行既為高鐵之債權人又成為其重要股東，負擔高鐵成敗之雙重風險至為不當。
