台灣醫療財團法人長期以來淪為財團小金庫，免稅身份屢屢遭外界質疑，然而，財政部對於《教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準》，對於免稅團體用於創設目的有關活動支出，占基金每年孳息比率，卻愈來愈寬鬆，從1995年的80%、2003年降至70%、2013又降至60%，對於何謂「創設目的」活動支出，範圍也不斷擴大，醫療財團法人濫用免稅團體身份，不僅財政部委外研究認為有必要檢討，大法官釋字第703號解釋，也認為公益與非公益團體之醫院間，存有直接競爭關係，相關免稅規定之操作，極易影響租稅公平與競爭中立，建議財政部應該予以檢討。
醫療財團法人因為具備免稅團體資格，過去3、40年變相成為捐助企業的控股機構，這個問題存在已久，財政部對於這個節稅漏洞也知之甚詳，然而，財政部過去在幾次租稅改革過程，包括2014年檢討「兩稅合一」制度時，都沒有試圖改革醫療財團法人免稅待遇。
轉投資限制逐漸鬆綁 免稅門檻也漸放寬
根據《所得稅法》第4條規定，公益組織必要條件為盈餘及財產歸屬必須具備封閉性，資金用途亦積極地限制在與「其創設目的舉辦事業」之必要支用範圍。然而，財政部針對醫療財團法人適用《教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準》（簡稱免稅標準），相關規範卻日益放寬，2013年財政部同意醫療財團法人，得將醫療基金投資於公債、公司債、上市櫃公司股票、或經主管機關核准之項目，「由營利事業捐助之基金，得部分投資該捐贈事業之股票，其比率由財政部定之。」
財政部不僅對醫療財團法人的轉投資部分，逐漸鬆綁開放，對於公益團體免稅標準，門檻也愈來愈寬鬆，事實上，《教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準》，針對每年創設目的支出比率，從1995年的80%，在2003年降為70%，2013年更進一步降至60%，換言之，醫療財團法人每年的支出，只要有60%用在「創設目的」相關，即符合免稅團體資格。
不僅如此，醫療財團法人在個別年度創設目的支出比率，即便未達60%，也有但書規定，只要向衛福部提出未來4年「結餘經費使用計畫書」，仍可繼續維持免稅團體資格，衛福部對於結餘經費，是否用在「創設目的」相關，也只是採取形式審查，無形中讓醫療財團法人「錢滾錢」更加容易。
另外，財政部對於醫療財團法人，轉投資捐贈事業股票，標準也十分寬鬆，財政部官員表示，若醫院轉投資捐贈事業為未上市櫃公司，其投資金額限制為當年度可運用資金的80%，若捐贈事業為上市櫃公司，因為獲利穩健，投資完全沒有限制。
大法官認定醫院存有競爭關係 免稅應再檢討
醫療法人享有免稅待遇，長期以來遭受外界質疑，不僅財政部在檢討兩稅合一制度時，曾經討論過是否該廢止醫療財團法人免稅待遇，財政部的內部期刊，也建議財政部從促進醫療財團法人結餘款用於醫療事業之發展，建議應針對非用於醫療部分之結餘，全數予以課稅。
除此之外，大法官會議在2012年討論「財團法人醫院其為醫療用途新購置之建物、設備等資產，相關資本支出得選擇按年提列折舊，自銷售貨物或勞務之收入中減除」一案，也曾討論其免稅待遇的公平性。
根據大法官釋字第703號，本件違憲爭議實源於《所得稅法》對公益團體所得免徵所得稅之規定。財政部針對教育文化公益財團法人，所訂定收支比之管制，對醫療財團法人而言，一則對於其投入公益原已處於目的事業主管機關之高度管制下，二則均以銷售貨物或勞務為主，公益與非公益團體之醫院間存有直接競爭關係，使得此一管制之操作極易影響租稅公平與競爭中立。主管機關允宜就此一併檢討。
