《港版國安法》備受爭議議題之一為該法的「長臂管轄」。根據《國安法》的規定，該法不僅規範在香港特別行政區內實施之犯罪（第36條），也包含香港永久性居民以及在香港成立的公司、團體或非法人組織在香港以外實施的犯罪（第37條）。最受到外界矚目者是第38條的全球效力，該條規定：「不具有香港特別行政區永久性居民身份的人在香港特別行政區以外針對香港特別行政區實施本法規定的犯罪的，適用本法。」
這種毫無限制的域外效力，相當罕見。一般而言，一國刑法處罰的是該國領域內發生的犯罪，此為所謂的「屬地管轄」原則。此外許多國家也處罰自己國國民在國外的某些犯罪行為，為「屬人管轄」原則。只有在例外的情況下，為了保護自己國家重要法益，可以將法律效力向域外延伸，針對外國人在外國的行為予以處罰，此為所謂的「保護管轄」原則。
雖然「保護管轄」原則有正當理由，但由於一國刑法的域外效力可能干涉到其他國家公民的行為和內政事務，因此各國在適用「保護管轄」時多有所限縮，不會毫無條件的延伸處罰。例如，中國《刑法》也有採「保護管轄」，該法第8條規定：「外國人在中華人民共和國領域外對中華人民共和國國家或者公民犯罪，而按本法規定的最低刑為三年以上有期徒刑的，可以適用本法，但是按照犯罪地的法律不受處罰的除外。」換言之，中國《刑法》的「保護管轄」有兩個適用前提要件，一是在中國《刑法》下屬於最低刑為三年以上有期徒刑之犯罪，二是該行為按照犯罪地的法律也應受到處罰（此為「雙重犯罪原則」）。值得一提，在中國司法實踐上第8條的案例極為少見，可見「保護管轄」適用的節制。
相較之下，《港版國安法》第38條就「針對香港特別行政區」實施的犯罪並無任何限制要件，無論犯罪輕重，也不管行為地是否有處罰該行為的規定，《國安法》的觸角都要向外延伸。這種高度侵入性的域外效力，再結合該法許多定義模糊的罪名，引來許多國家批評。
