民進黨重新執政後，積極追討當初接收日產或曾接受政府捐助之財團法人，在教育部重新指派國語日報董事後，今年3月法院判決「回歸」政府的糖業協會，經濟部方面最近也完成人事改組，據了解，在台糖官司勝訴後，糖協9席董事原本全部由台糖指派，最近，糖協6席董事改由經濟部指派，董事長悄悄換成了前農委會主委曹啟鴻，由於糖協土地資產雄厚，資產總市值高達270多億元，曹啟鴻接手糖協後，未來糖協資產運用備受關注。
政府整頓捐助財團法人 糖協是指標之一
民進黨政府上台，將整頓政府捐助財團法人，視為轉型正義之一環，法務部今年上半年訂定《財團法人法》草案，準備要求政府捐助財團法人，按照累計捐助比率分配董事席次，儘管草案目前尚未經立法院三讀，但各部會針對指標性財團法人，已經陸續在追討之中，包括當初接收日產的郵政協會、電信協會，以及最近發生董事會鬧雙胞的財團法人《國語日報》，都是具體個案。
根據監察院調查報告，糖協在第一次政黨輪替後，在前台糖董事長張有惠主導下，變更捐助章程，更名為財團法人台灣武智紀念基金會，扁政府後期，時任行政院副秘書長陳美伶，指示各部會清查下轄財團法人，針對原始財產是來自政府捐助或接收日產者，均界定為公設財團法人，當時糖協拒絕配合交出董事席次，引發前行政院長蘇貞昌震怒，經濟部因此勒令糖協解散，剩餘資產清算後資產收歸國庫，糖協在2008年官司逆轉勝訴，官司改由台糖跟糖協繼續纏鬥。
根據監察院調查報告，經濟部95年5月26日命令解散糖協，主要理由係為該會當初成立之兩項目的，即「協助發展糖業」及「舉辦員工福利事業」已因情事變更而無法達成。後來經濟部行政官司敗訴後，台糖方面主張，糖協（武智基金會）董事長張有惠，之所以能夠擔任該基金會董事長，完全係過去擔任台糖董事長期間，熟悉糖協之運作，糖協董事成員均為台糖退休主管，張有惠擔任糖協萬年董事長期間，不僅月領高薪，張有惠妻子還同時擔任糖協主管職務。
經濟部取得糖協6席董事 曹啟鴻任董事長
台糖與糖協的官司，今年3月正式定讞後，依據扁政府時代的處分原則，經濟部理論上應該透過糖協董事會運作，推動糖協解散清算，不過，最近一項人事案，卻顯示出民進黨對於糖協「另有安排」，據了解，經濟部最近取得糖協6席董事後，目前已指派今年初卸任的前農委會主委曹啟鴻擔任糖協董事長，曹啟鴻從政期間擔任機要的黃麗霞，最近也跟著到糖協。
經濟部官員表示，台灣糖業雖然已經轉趨沒落，糖協現階段要達成「協助發展糖業」之宗旨，雖然已相對困難，但糖協目前仍然提供台糖員工子女教育獎助學金等福利，至於土地資產部分，未來仍可透過董事會運作，落實公有公用原則。
林文淵任海外投資開發公司董事長 法人回歸控制
不過，最近扁政府時代前中鋼董事長林文淵，出任海外投資開發公司董事長，未來隨著愈來愈多公辦財團法人回歸政府控制，相關人事安排，如何落實轉型正義理念，與回歸專業經營精神，將考驗民進黨執政智慧。
