近月來，輿論針對台北地方法院判決前總統馬英九洩密罪無罪有所爭議。綜觀贊成與反對方的論點，實際上均圍繞北院判決中馬前總統召集前行政院長江宜樺與前總統府副祕書長羅智強共同商議一事，是否符合刑法第21條第1項規定：「依法令的行為，不罰」？法院的立論基礎是馬前總統是行使憲法第44條院際爭議解決權，爭議類型包括法律上爭議或事實上爭議。
本案事實係出於立法院王金平前院長疑似打電話給前法務部長曾勇夫，就最大反對黨─民進黨團立法院大黨鞭柯建銘所涉及了全民電通更一審溝通承辦檢察官放棄上訴一事。這就形成司法權遭到行政權或立法權違法侵害之爭議，所以馬前總統係符合憲法賦予院際爭議解決權的行使要件，符合依法令的行為，成立阻卻違法事由。
總統有行使院際調解權以維護司法公正的義務
憲法第44條院際爭議解決權，顧名思義即是指中華民國總統面對憲政機關之間發生權限衝突或政策事實上產生意見分歧，在彼此之間無法達成共識的情形下，由總統出面透過政治手段排解、協調及仲裁分歧，使各憲政機關的運作或施政步伐一致，降低互相掣肘的窘態。由此可知，此項總統特權是高度政治性的爭議解法手段。存在該項總統特權的理由在於，一般人民較無法細分各憲政機關的制衡關係，總是將各部門視為一個整體政府。若是一個整體政府都會出現內部成員的爭執，並且長期處於尚待解決的尷玠情況時，多數人民會降低對於整體政府的信任度，導致國政運作不順利。
因此，憲法特別賦予中華民國總統此項排解紛爭的總統特權；反面可知，基於保持人民對於憲法權威及政府施政的信賴感，憲法第44條亦暗含中華民國總統有憲法「義務」去解決各憲政機關的爭執僵局，以符合現代憲政國家中法治國原則、民主原則及共和原則的使命。
近年來國人與學界較不重視總統的院際爭議解決權，乃是基於三種理由。第一，民主化之後，司法院大法官頻繁地處理各憲政機關權限爭議的憲政實務，每每案例結束後，就代表著有利害關係的憲政機關享有的憲法上職權，實際上出現消長，進而促使「法律性格」的院際爭議解決機制成為鎂光燈的集點；第二，我國憲政實務上，總統曾有兩次想透過憲法第44條院際爭議解決權，以求達到行政與立法兩大部門的共識，第一次是2001年，陳前總統執政時期為了停建核四案，第二次是2014年，馬前總統期望立法院盡速審查通過兩岸服貿協議，不過，兩次都因為立法院王前院長不欲參與院際爭議解決會議，而功敗垂成；第三，則是政黨政治的框架下，總統、行政院長及立法院執政黨多屬同一政黨，即學理上「一致政府」(unified government)，若發生立法與行政兩大部門發生政策觀點衝突時。常利用黨內的協調機制，達成共識。
