許多專家後來進行了大量的法醫調查，試圖確定他到底都有哪些病，這些病是否與他的耳聾有關係，以及如何影響他的性格和音樂創造力。
在BBC國際台製作的一部《解剖貝多芬》的紀錄片中，英國神經外科醫生馬許列舉了一份貝多芬疾病的詳細清單。
根據這份清單，貝多芬患有腸炎、大腸激躁症、劇烈腹瀉、惠氏病（又稱惠普爾病，Whipple's disease）、慢性抑鬱症、汞中毒以及疑病性神經症。
1827年3月27日，也就是貝多芬去世後的第2天，當時的名醫瓦格納對貝多芬屍體進行解剖發現，他的腹部腫脹，肝臟嚴重受損，已經萎縮到正常肝臟體積的4分之一，這是由酗酒引起的典型肝硬化。
貝多芬家人有酗酒家族史，他祖母和父親都曾酗酒。
但滕布里奇教授解釋說，貝多芬經常在社交場合喝葡萄酒，但這在當時很正常，因為飲用水不衛生。
美國加州另一位研究人員梅瑞迪斯在分析了貝多芬的頭髮標本後還發現，貝多芬還有可能有鉛中毒，而它與飲酒有關。
當時的釀酒商經常用含有鉛的酒桶發酵葡萄酒汁，這種做法在當時很普遍，因為這樣釀出來的葡萄酒黏稠甘甜。
然而，這種做法卻無意中傷害了顧客。鉛中毒可以導致神經損傷。雖然無法證明貝多芬是否有神經受損。
如何失聰？
根據瓦格納醫生的屍檢報告，貝多芬的聽力嚴重受損。
梅瑞迪斯對BBC表示，貝多芬的耳聾可能與他消化系統的疾病有關，因為發病日期正好吻合。
而且，貝多芬一直抱怨頭痛和發燒。
美國馬里蘭大學醫學院的馬考維阿克博士還提出了另一種理論，他認為貝多芬的耳聾有可能是先天性梅毒導致的副作用所引起的。
馬考維阿克博士認為，是它導致了貝多芬的腸胃疾病和耳聾。但前面提到的神經外科醫生馬許並不認同這一觀點。
馬許表示，在這方面並沒有什麼結論性的證據，只不過是傳聞而已。
耳聾的創傷
但有一點是肯定的，貝多芬的聽力問題在1797-1798年之間就開始了。1802年，貝多芬遵從醫囑離開維也納到附近小城海利根施塔特休養。
貝多芬在這裡給自己的2位兄弟寫信，透露了自己想自殺和不想見人的念頭。這封信後來成為了「海利根施塔特遺囑」（Heiligenstadt Testament ）。
在信中，貝多芬講述了自己如何在6年前開始飽受耳聾的困擾和痛苦，醫生不僅無法醫治他，而且症狀越來越厲害。
貝多芬還解釋了為什麼他不願意接近人，因為不想讓人知道和注意到他的耳聾。這也解釋了他行為古怪的原因。
但貝多芬並沒有寄出這封信，它是在貝多芬死後在他的一些文件中被發現的。
