公益團體「股利淨額不計入所得額課稅」改革，不僅打亂企業捐助財團法人的節稅規劃，也衝擊到未來企業捐助公益活動意願，甚至可能違反「信賴保護」原則，財政部長許虞哲表示，財政部將修正《教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準》，現行「與創設目的有關活動支出」須達60%規定，將與其他部會研商是否進行修正，國民黨立委盧秀燕則建議，財團法人應該採取分級課稅。
根據財政部統計，105年度教育文化公益慈善機關，申報所得稅的件數，一共2萬9500件，總共申報納稅金額僅10億元，顯示絕大多數公益團體，在105年度創設目相關支出，都未達收入的60%。
支出未達收入60%的公益財團法人 可申請「結餘經費保留計畫」
財政部官員表示，財政部取消公益團體股利免稅規定，主要係配合「兩稅合一」制度廢除的配套修法，由於不是本次稅改主軸，因此沒有主動宣傳，由於該項規定取消後，股利所得併入年度收入後，支出未達收入的60%的公益財團法人，仍可向目的事業主管機關，申請「結餘經費保留計畫」，提報未來4年度的結餘使用計畫，不見得要馬上繳稅，因此，財政部方面並沒有特別設算可能創造稅收。
內政部官員表示，目前全國社團法人共1萬5000個，全國性合作社則有39個，其中有很多是宗教團體，這些團體當中，很多都有具備「免稅團體」資格，未來股利所得免稅規定取消後，部分公益團體因為獲配股利，面臨繳納所得稅命運，目前情況尚未明朗。
許虞哲表示，本次稅改方案，將原本《所得稅法》第42條「股利淨額不計入所得額課稅」規定取消後，部分立委仍認為，財團法人申請「免稅團體」規定有必要進一步檢討，因此在稅改方案通過後，財政部將會修改《教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準》，但由於教育文化公益慈善團體，分屬不同目的事業主管機關管轄，免稅標準到底該如何訂定，必須尊重相關部會意見。
免稅門檻調降為60% 李慶華：降低「結餘經費保留計畫」作業成本
許虞哲表示，公益團體免納所得稅的門檻，過去20年從「與創設目的有關活動支出」達年度收入的80%，降到目前的60%，「一定有它的理由」，未來併入股利所得計算後，免稅的門檻是否仍維持60%，財政部將徵詢主管機關意見後一併檢討。
賦稅署署長李慶華表示，公益團體免納所得稅門檻，之所以調降為60%，主要係考量公益團體每年勸募能力並不相同，有些公益團體特定年度所爭取到的單筆大額勸募所得，必須保留到其他年度使用，為降低公益團體呈報「結餘經費保留計畫」的作業成本，因此才將免稅門檻訂在60%。
財政部官員表示，公益團體公益相關支出，若在當年度未達60%免稅團體規範者，必須向主管機關辦理「結餘經費保留計畫」，就當年度全部結餘款，編列用於次年度起算4年內「與創設目的有關活動支出」，上述「結餘經費保留計畫」最常見的用途，包括購置不動產、結餘款轉列基金，或捐助成立財團法人。
為規避稅負 未來恐透過成立財團法人保留結餘
由於本次稅改方案通過後，公益財團法人股利收入，必須併入年度所得，「與創設目的有關活動支出」若未達60%者，未來恐面臨繳稅壓力，包括長庚財團法人的機構，而未來為了規避稅負，很可能會透過捐助成立財團法人的方式保留結餘，前年中技社持有台灣高鐵特別股到期，當年度30億元收入進帳後，董事會決議捐贈成立13億元「工程教育研究基金會」。
為了避免企業捐助公益團體「無限增生」，衛福部今年上半年提報的《醫療法》修正案，已明訂醫療法人之非醫療收入，也應提撥各10%比率，用在教學研究與社會救濟，但相關規定目前在立法院衛環委員會卡關，未來衛福部、教育部等單位，如何確保醫療、教育財團法人，將股利收入花在創設目的相關用途，將考驗相關部會首長的智慧。
