儘管如此，《軍事審判法》的「覆議」制度也有爭議。這條文源自傳統中國法審規定，上級認為不合法者得令覆議、發回重新審理，判決確定則為覆審，但實務運作上能否由上級自己動手「改判」？就目前判決來看，當時總統蔣介石閱卷後自行直接判刑的痕跡其實清晰可見。
甚至，包含檢察官與法官在內的「軍法官」資格任用上僅要求修習法政之學1年以上、不必考試，就過往學者謝孟達研究最常判死刑的軍法官，全是外省籍、僅4位有正統法律背景，其中殷敬文擔任福建地方行政幹部訓練團、法學訓練是問號，范明亦無無明確法學教育背景，可能是經考試訓練後才成為福建司法處審判官。
判刑部份就《懲治叛亂條例》第5條規定，參與叛亂組織集會判無期或10年以上，第2條之1款（即俗稱「二條一」）著手實行顛覆者則判唯一死刑，但林政佑也提問：看左派書籍、參與討論算哪個呢？
就政治犯呂敏遜的狀況來看，本來是以第5條被起訴，被控涉案情節包括在相關組織擔任燒飯、蓋草寮、開墾山地工作並有讀共黨手冊，這案件初判12年但蔣介石不同意，要求從重量刑、最後判死刑；但就做了同樣事情的政治犯許溪河來看，許後來被以第5條處有期徒刑：「他們做的事有什麼不一樣嗎？ 難道燒的飯不一樣？」
從呂敏遜與許溪河命運的分野，可見蔣介石覆核之重要性。林政佑又例，在李進來案的逃亡士兵非屬將官階級、也沒被判死刑或無期徒刑，依法蔣介石不需也不應覆核，但本案仍在蔣介石意見下來回更審、最後被「二條一」死刑，此例可見「上意」之勝利，當蔣介石明確指示刑度，軍法官往往會依指示來判。
平民大量遭捲入軍事審判 總統前一年度「覆議」次數造成「揣摩上意」、甚至判重刑案量翻倍
以「軍審」處理非軍人身份一般人民的用意何在，就中研院台灣史研究所博士後研究員蘇慶軒報告，「軍審」一般是由軍事機關發動調查、讓軍法官去審判，跟一般司法案件相比，其特殊性在案件要上呈給軍事長官決定、長官不滿判決可以要求重審，這在威權時期很普遍，即統治者的「司法鎮壓」。
在這套制度，上級軍事長官對判決結果可以核定（同意判決）、覆議（不同意判決）、要求再行審理、或懲處判決讓其不滿意的部屬，也造成軍法官容易「揣摩上意」無法獨立行使職權。威權時代在沒有公民社會監督下，政府很少為自己做的事情負責，鎮壓機關空間也有很大空間做對自己有利的事，例如軍法官包啟黃在1950年代便藉職權大肆貪污。
而在蘇慶軒、成功大學政治系副教授王奕婷、Essex大學政府系助理教授劉昊合力完成之〈司法鎮壓：台灣威權時期軍事審判過程〉一文，主要便欲探討「揣摩上意」是如何發生的、總統否決如何影響參謀總長與審判次數等。王奕婷指出，總統否決可能造成兩種結果，一是軍法官會更謹慎、對案件看更多次、經過多次否決重審讓結果更偏近總統偏好，二是判決可能放寬標準、讓原本會輕判的案件增加刑度。
