北檢以遠雄董座趙藤雄涉犯《貪污治罪條例》、《刑法》及《證券交易法》等，起訴趙並求處重刑24年，現全案移交法庭審理。就大巨蛋的後續，台北市長柯文哲1日中午，出面發表三點聲明，同時，對趙藤雄能在短時間內籌出5.5億感到「神通廣大」，還諷刺說「事先就知道（要準備交保金）了？」並申明，他反對複雜的政商關係，不是反商仇富。
柯文哲說，第一，從他上任以來，在大巨蛋案上一直堅持公平正義、公開透明原則，也承擔前任市府所留下來的困難，沒有任何逃避。不管外界如何批評，甚至影響民調，市府團隊都沒有妥協，堅持到現在。
遠雄未按圖施工，遭市府勒令停工至今
第二，市府仍然強調大巨蛋必須是一個安全的大巨蛋，因此，市府在104年5月20日時因為遠雄公司未按圖施工，依法勒令停工，至今遠雄僅能因工地安全問題進行報備施工，停工也經過訴願委員會、監察院、行政法院之判決， 市府的勒令停工是合法的。在大巨蛋的安全上，市府是堅持的。
第三，臺北市政府仍然會站在公平正義的立場，替市民爭回應有之權利，不讓市民的權益受損。
對於柯文哲聽到趙藤雄被起訴的感想？柯文哲表示，這跟世大運一樣，過程被嘲笑、諷刺、責罵，還是堅持下去，所以世大運成功了，大巨蛋案不可諱言是他當市長任內對民調影響最大的事件，過程當中很多人問他怎麼不妥協，他說，第一點，就是安全性。他從醫生來看就有很多是有問題，難道因為民調掉下去、名嘴在罵、議會在罵就妥協嗎？
「反對複雜政商關係，不反商仇富」
柯文哲表示，遠雄已經送件進市府走都審程序，「也希望遠雄真的要送審就認真送審，不要再耍花樣」。柯文哲表示，談判還是要重啟，他反對複雜的政商關係，不是反商仇富。
對於趙藤雄的交保金高達5.5億元，且在短時間內就籌到並交付，柯文哲笑說，30分鐘就籌到5.5億元，實在是神通廣大了，還是事先就知道了？
柯文哲最後也對趙藤雄呼籲，這件事也是給臺灣社會的反省，做生意有賺就好，不要太貪，如果當時大巨蛋園區內蓋三棟而非五棟，容留足夠空間，財務也會平衡，那今天早就開幕，高高興興，何必搞成這樣。他說，人活在世界上，大家快樂，心情愉快，不是很好嗎？
