據報載，行政院院會於11月9日，正式通過農田水利會組織通則部分條文修正草案，近日移請立法院審議。該修正草案中最令社會輿論關注是第四十條明文規定，自修正條文施行後，廢止農田水利會的會長與會務委員的選擇，而第四屆(本屆)17個水利會會長與會務委員的任期，全部於109年9月30日屆滿。該修正理由中述明，「因應農業環境變遷且降低直選體制之選舉副效益，為能達到強化農業水資源利用、擴大對農民服務範圍、強化組織專業經營等目標，將農田水利會由現行公法人改制為公務機關。」因此，需要先暫停水利會長與會務委員的會員直選。
可是，當我們仔細審視前述11月9日行政院所同意的農田水利會組織通則部分修文修正草案，卻完完全全沒有提及修正現行農田水利會組織通則第1條第2項：「農田水利會為公法人」或是相應地修正水利法第12條第2項：「前項農田水利會為公法人，其組織通則另定之。」僅在修正理由提及暫停會員直選水利會長與會務委員，卻不同時修正真正定位農田水利會為公法人的條文，如此的修法不協調，不免啟人疑竇。
事實上，農田水利會的歷史由來以久，並非是民國39年國民政府播遷來台之後，才出現的農民水利合作組織。以「台北市瑠公農田水利會」為例，其轄下最重要的水利灌溉設施，即是著名的瑠公圳。乃是郭錫瑠父子於清乾隆27年(西元1762年)與乾隆32年(西元1767年)次第修建而成。日治時期於明治40年(西元1907年)轉型於「公共埤圳瑠公圳組合」，成為水利事實的自治組織；民國45年依據農田水利會組織通則的規定，合併大坪林圳，改組為「台灣省瑠公農田水利會」；民國57年為因應台北市升格為直轄市，改名為「台北市瑠公農田水利會」。另外，因電影KANO為國人所熟知的「台灣台南農田水利會」，最早之前身係大正9年的「公共埤官佃溪埤圳組合」，隔一年更名為「公共埤圳嘉南大圳組合」，於民國45年正式改組為「臺灣省嘉南農田水利會」。101年再更名為「台灣台南農田水利會」。
由前述兩大農田水利會的歷史介紹得知，「農田水利會」先於「農田水利會組織通則」而成立，政府僅是被動地承認其存在，以輔導其成為國家水利建設及水資源管理系統的成員。
農田水利會為公法人，享有獨立的法律人格，具有水利事務上的自治權限，多次為我國司法院大法官解釋所承認。釋字第518號解釋文：「農田水利會為公法人…其法律上之性質，與地方自治團體相當，在法律授權範圍內，享有自治之權限」與釋字第628號解釋文：「農田水利會係由法律設立之公法人，為地方水利自治團體，在法律授權範圍內享有自治之權限」既為地方水利自治團體，類似於地方自治團體。兩者的區分為，農田水利會享有個別事務管轄權；直轄市、縣(市)及鄉、鎮(市)具有土地管轄權。共通之處為在於，均為人合組織。參照釋字第479號解釋文：「憲法第十四條規定人民有結社自由，旨在保障人民為特定目的，以共同之意思組成團體並參與其活動之自由。」係由於住民或會員所共同組織，以共同的意思去處理眾人的問題。因此，農田水利會必然也應該具有「會員自治」及「團體自治」。
