令哥國民眾不滿的是，和平協議對FARC極為寬容，鮮少親自參與犯罪的叛軍高層恐怕不會面臨任何起訴。內戰當中的屠殺、綁架和攻擊案多半由低階官兵執行，檢調單位若無法證明FARC高層有明確犯罪意圖和指令，將無法起訴任何高階領袖。
哥國政府另外成立了「和平特別裁判團」（JEP），聚焦在內戰中違反人道的戰爭行為，但同樣不會抱持懲罰性目的，而是以幫助、賠償受害者為核心目標。哥國媒體指出，FARC並未抗拒設立裁判團，意味著低階官兵可能負起戰爭全責。
部分成員不願卸甲
哥倫比亞過去因為內戰，長期蒙受毒品泛濫、犯罪（尤其綁架）猖獗的惡名，和平協議簽署一年以來，犯罪情形確實改善許多，2017年上半年謀殺率至少下降17%。而放棄武裝協議於6月27日生效後，超過7000千名游擊隊員交出武器，超過55%已開始走出叢林，在政府幫助下嘗試融入社會。
不過，仍有約800至1000人反對放棄武裝革命，不願放下槍桿，躲藏在哥國境內，各界擔心他們轉而加入犯罪行列。「這是所有和平談判最害怕發生的事。」負責調停的挪威外交官奈蘭德（Dag Nylander）表示。
小型游擊隊趁亂壯大 毒品產量爆增三倍
美聯社（AP）調查發現，2013年展開和平談判以來，哥國毒品貿易反而更加猖獗，古柯鹼產量2016年達到710公噸，暴增3倍之多。10月份一場掃毒行動中，7位農民遭警方開槍打死，政府軍指責FARC教唆農民對抗軍警，但批評聲浪認為，政府沒有積極輔導轉型，原本仰賴古柯樹（coca）的農民來不及改種其他作物，生計斷絕之下，自然頻起衝突。
此外，過去由FARC全面掌控的西部城市圖馬科（Tumaco），另一支游擊隊「全國解放軍」（ELN）趁隙壯大，趁著FARC轉型後的權力真空，大肆奪取古柯樹田和非法礦脈。聯合國統計，哥國2017年至少有61位地主被殺，多數都是因為土地和毒品引發的糾紛。
國際特赦組織（AI）、人權觀察（HRW）指出，哥國政府若不盡快接管圖馬科，並加速打擊犯罪勢力，恐將造成更多平民傷亡。各國觀察單位也擔憂，不願放下武器的反叛軍會加入犯罪集團，形成更危險的武裝力量。
國會拖字訣 和平協議難啟動
根據談判內容，哥倫比亞國會應在12月1日之前完成與和平協議相關的多項修法，但哥國國會至今還未完成任務，讓政府急得跳腳。分析指出，由於民眾對和平協議反彈甚大，哥國各方都算計著6個月後的大選，各政黨唯恐支持率受影響，才會極力使出拖字訣。
總統桑托斯24日也沉重表示，這場內戰留下了800萬遺族與受害者，他能夠理解人民無法原諒反叛軍的心情。但桑托斯也對媒體表示：「最好的和平協議，就是讓雙方都不滿意。」
桑托斯說：「有些人想要宣判和平協議死刑，但他們忽略了，重建和平需要很長的時間，目前的協議施行才不到一年，而且哥倫比亞還會有更多和平協議。」
美國聖母大學（Notre Dame University）國際和平研究機構（IIPS）調查顯示，哥國和平協議除了約定放棄武裝和司法正義之外，也涵蓋農業轉型、教育與醫衛系統改革等558項條款，目前僅執行了17%，約55%的項目完全沒有進展。民生、經濟與治安問題若不盡快改善，眼前的短暫和平氛圍可能再度瓦解。
不過，也有人認為最壞的時代已經過去了。美國前總統歐巴馬（Barack Obama）先前派出參與調停的特使雅倫森（Bernard Aronson）就說：「戰爭已經結束了，沒有人認為內戰會再度開打。」
多次造訪哥國的雅倫森，信心滿滿表示：「和平協議沒有把哥倫比亞變成天堂，但那是因為大家的期望很高，所以一點點失望在所難免。」
