1950年元月在處理一名「職業學生」晚會鬧事的說明中，傅斯年校長在一封公開信裡一開頭就說：「辦學應鼓勵學生之合理合法活動。」有幾名學生在一場晚會鬧場，指控有人表演秧歌之詞，傅校長在查明訓導處的說法與當天表演這齣「四川嘉戎歌舞」，確實是由體育教員所教，教材也是教育部在重慶時審核通過，各校尚有演出。詢及在場師生、表演者皆表明無誤，群眾中還有治安人員也無異議。顯然這幾名學生是「無中生有」。
第二天，一份「六○」的油印品針對此事「肆口謾罵」，訓導人員查出主導的是李某等三位學生，此份油印刊物大罵傅與訓導處所指導的活動都是共匪在後操盤。傅斯年了解此事之後，約談這三位同學，和他們懇談，指出，你們所謂的反共，不能無中生有，「因為無中生有，反而引起大多同學之反感，即等於幫助共產黨之宣傳」。一小時的懇談讓學生承認「六○」是他們發的，傅表示只要誠心寫悔過信，校方是不會開除他們的，還鼓勵他們「要誠心悔過，以後好好用功」。
這封信在1950年1月22日《新生報》刊出全文，信中指出，三位同學曾坦誠除了在校內印發「六○」並在校外向報紙投稿，向某處流亡學生鼓動，……但是第二天三位中有一人全盤否認，表明校方要保證不處分才會出面悔過。此時校外謠言四起，十天後，校方只收到兩位同學的悔過書。其中一位李姓同學，「平日儼然以特殊階級自命，辦有星火半月刊」，除向訓導處請求補助，「出版後幾乎每期生事」，晚會事件鬧得沸沸揚揚，「不特不悔過，反對同學作各種怪說」。校方為此開了兩次會議，最後做出決議，李生「不應被人利用，始終不悔，為維持學校之鋼紀，遂將該生開除學籍，其他二人暫觀後效。」
此一事件有媒體還刊出社論批判台大，指當時1月12日媒體報導刊出槍決匪諜區嚴華、楊毅，區楊兩人被指曾「指揮臺大學生秘密活動，企圖策動讓讓大學生自治會，擴大學潮，……」，當時台大有兩名學生涉嫌而被捕，這篇社論指出台大同日（1月12日）刊出啟事說「台大自暑假以來一切安定，學生用功求學，絕未發現共匪宣傳之片紙隻字」兩廂對照「不啻是一個很大的諷刺」，再者，晚會事件又是發生在暑假之後，顯然這家媒體對台大是有針對性的批判。傅斯年對此也做了簡單地澄清，強調區楊一案爆發在兩年前（1948年），涉案的台大學生也在38年時離校，與台大啟事所言並無不合，最後在這封公開信傅斯年表明，「以後所有讕言概不置答」。
1950年時代國民黨退守台灣，兩岸緊張情勢之下，匪諜潛伏伺機生事傳聞不斷，傅斯年在一份佈告（1950/11/14卅九校秘字第一一五七九號）中指出，「然以去年暑假以前情形觀之，當時共黨在校份子實在不少，肆無忌僤，經常動作」，雖因省內整肅匪諜而情勢逐漸安定，然而還是有少數學生「誤入岐途」被共黨分子吸收而潛伏於台大之中，傅斯年特別在這份公告中提醒這些同學出面自首，「……各生對此問題認識不清，對共黨之勾結俄寇以賣祖國之罪行知之不詳，難免有輕易參加匪黨組織，或接近其人者，…..」在當時的氛圍中，台大校長還用公告的方式提醒學生家長，可以想見當時校園的安定工作，首先還是清除匪諜，讓師生可以安心認真教學／學習，這份公告也可以看出傅斯年治理台大的用心。
