目前已有超過1千萬人參加美國運輸安全管理局預檢計畫，美國運輸安全管理局希望將參加的人數達到2500萬。
然而，《美聯社》指出，這種便利有其代價，那就是「隱私」。美國運輸安全管理局預檢計畫在申請書與簡短訪談時，會詢問申請者的基本資訊，例如工作經歷與居住過的地方，並要求申請者留下指紋與同意犯罪記錄檢查。
美國生物識別技術與身分識別公司「Clear Secure」計畫使用美國運輸安全管理局預檢計畫註冊，透過結合兩者來提高身分驗證產品的會員身分，這將讓Clear Secure的產品對其客戶更有價值，這些客戶包括體育館及音樂會宣傳人員等。
美國運輸安全管理局正測試使用配備人臉辨識技術的自助通關亭來檢查附照片的身分證件與登機證，而不是讓官員檢查。批評者認為人臉辨識技術可能出錯，尤其是辨識有色人種的時候。
An effort to expand enrollment in TSA PreCheck is an invitation for government vendors to target passengers with marketing pitches.
— Axios (@axios) August 2, 2021
Newy adopted changes to the program could link benefits to ads from companies looking to monetize passengers' data. https://t.co/MUVp8dJ2zV
國際民權組織「電子前哨基金會」（Electronic Frontier Foundation）聯邦事務主任麥金尼（India McKinney）表示，美國運輸安全管理局官員今年曾對隱私權倡導者表示，這些自助通關亭還會取得旅客申請預檢計畫時拍攝的照片，這讓她憂心，因為這意味著自助通關亭可連上網路，可能會讓駭客取得旅客資料。
麥金尼說：「他們（美國運輸安全管理局）完全專注在便利因素，而不關注隱私因素與安全因素。」
美國運輸安全管理局是「維安劇場」？
2015 年，美國運輸安全管理局一份內部報告指出，美國運輸安全管理局官員在95%的試驗中，未能檢測出臥底調查人員攜帶的武器或爆炸物，包括美國運輸安全管理局前官員在內的批評者嘲笑美國運輸安全管理局是「維安劇場」，讓人產生該機構能保護旅客的錯誤印象。
然而，美國運輸安全管理局局長佩科斯奇（David Pekoske）駁斥這個說法，他指出美國運輸安全管理局在機場安檢站繳獲大量槍支，光是去年就超過3200支，其中83%已裝上子彈。
佩科斯奇還提到美國運輸安全管理局的其他工作，包括審查乘客、使用3D技術檢查託運行李、檢查貨物、安排航班的聯邦航警。他說：「安檢站有人們沒看到的許多東西。請放心，這不是維安劇場，而是真正的安全。」
內部威脅
2018年，美國達美航空（Delta Air Lines）行李搬運員利用安全通行證，在喬治亞州首府亞特蘭大（Atlanta）飛往紐約的航班上走私100多支槍械，最後被判罪。2019年，美國航空（American Airlines）一名技師承認，他透過損壞測量速度與高度的客機操作系統來破壞一架載了150名乘客的飛機，該架客機的駕駛在美國佛羅裡達州邁阿密（Miami）起飛時中止飛行，而該名技師的手機裡有恐怖組織「伊斯蘭國」（IS）的相關影片。
這些事件凸顯了美國運輸安全管理局要擔心的一個威脅是那些擁有安全許可證的航空公司工作人員或機場工作人員，美國運輸安全管理局局長佩科斯奇表示，該局正在加強監督內部威脅。
佩科斯奇表示：「那些擁有安全識別證的人裡，其中很多人確實可以在無人陪同的情況下進入機場各處，但他們在被聘用前也通過非常嚴格的審查程序。」這些工作人員通常每隔幾年就會重新接受審查，但佩科斯奇說美國運輸安全管理局正在推出新系統，該系統將能根據執法資訊發出警報。
