胡思杜在中共建政之後積極尋求表現的機會，被安排華北人民革命大學政治研究院學習。他將父母給他留下結婚用的一箱金銀細軟上交給中共，而且把胡適視若珍寶、托他照看的108箱書籍也捐獻出去。還因此受到表揚。
不久，繼輔仁大學校長陳垣在《人民日報》發表《給胡適之的一封公開信》，規勸胡適回到大陸。胡思杜也發表了他和父親之間的一封「斷交信」。
1949年9月22日，胡思杜寫了《對我的父親——胡適的批判》（這是一份思想報告），相繼在香港《大公報》和《中國青年》上發表，文中列舉了「戰犯」父親胡適的種種罪狀，稱胡適是「反動階級的忠臣、帝國主義的走狗及人民公敵」，「在他沒有回到人民的懷抱來以前，他總是人民的敵人，也是我自己的敵人。在決心背叛自己階級的今日，我感受了在父親問題上有劃分敵我的必要」，並明確表示，和父親斷絕往來。
此文一出，台大傅斯年校長馬上在國內《中央日報》上發表聲明指出：思杜少年多病，學業不成，尚屬天性醇厚之人，思杜的這篇文章反映了「共產黨對於不作他們工具乃至於反對他們的教育界中人，必盡其誣衊之能事。陳垣、胡思杜等都是在極其悲慘的命運中。因為不能出來，別人代他寫文，我們也不必責備他了。」至於胡適本人的反應，則是在思杜這篇文章的剪報旁，寫了眉批：「小兒此文是奉命發表的」。在日記上胡適則表示：「我們早知道，在共產主義國家裡，沒有言論的自由；現在我們更知道，連沉默的自由，那裡也没有。」他選擇原諒了思杜！
1651年大陸發起批判紅學權威俞平伯運動，俞是胡適的高足，連帶引爆了大陸如火如荼的批判胡適運動，胡思杜難逃排山倒海的批判聲浪，他的那封與父絕交信也失去了影響力。所以雖然多次申請加入中共，結果都石沉大海。1957年老毛打出引蛇出洞的「陽謀」，先是讓人大鳴大放，接著引爆了反右運動。5月20日胡思杜遭《人民日報》點名批判，成了「漢奸、走狗、賣國賊」、「胡適的餘孽和妄圖篡奪革命領導權的階級異己分子」、向黨倡狂進攻的「反黨、反社會主義的資產階級右派分子」。不斷遭到群眾的批鬥，讓他崩潰！1957年9月21日晚上，他上吊結束生命。得年36歲。（胡適1962年去逝之前都不知到思杜的死訊）
對比胡思杜，選擇重回香港的余英時在1950年秋季正式加入錢門，在錢穆先生的指導下，開始做學問。「我當時正在接受馬克思主義史學的挑戰，研究的興趣偏向中國社會經濟史」，原本有意從魏晉南北朝下手，但是錢先生點醒他，「我的整體計畫必須上溯至漢代，才能找到源頭之所在。」這樣的方向底定後，余英時最後決定以《後漢書》為精讀正史的起點。上研究所後，精讀工作更上至《漢書》，下延至《三國志》。1955年開始寫專書，1956年1月在美國哈佛大學脫稿，定名為「兩漢政權之建立與士族大姓之關係」第一篇史學專論出爐，這時他26歲。
