薪資方面，由於大部分學校並未自訂專案教師的薪資規範，在全國大專校院調查中也發現公、私立學校比率都超過六成，而且部分學校的專案教師薪資的比率更低於公立學校的八成，甚至六成以下，其中以助理教授及講師最多。這些專案教師無論在升等及年資計算，所兼任的行政工作量等，都與編制內教師存在相當大的落差，盡相同（甚至更多）的責任義務，卻不同酬，連教師救濟程序方面也十分缺乏。
讓人瞠目結舌的是，報告中提及私立大專校院的專案教師兼任學術主管，從107至109學生度，已有九十四所學校專案教師兼任學術或行政職務，其中兼任副校長以上職務有五所，更有專案教師同時兼任主管職務高達七項。專案教師兼任學術主管的適法性至今尚未明確規範，學校竟不照行政法規，教育部也未積極處理，任由離譜的事件發生。
綜合上述從一開始專案教師的政策制定到後來發展，有幾點令人匪夷所思：
一、教育部在民國87年訂定〈國立大學校院進用專案計畫教學人員研究人員暨工作人員實施原則〉，是為因應高等教育發展、政府新興人才培育政策及少子化趨勢等原因。但以當時的情形，「少子化問題」並未出現（不是還在增設大學嗎？「少子化」約莫是民國95年以後才突顯的問題。）教育部有如此「前瞻性的眼光」實屬難得！但它不走立法途徑，卻是用行政命令方式，如何說服我們它的「正當性」？
二、既然是為了各校因應高等教育發展、政府新興人才培育政策及少子化趨勢等因素，為何公立大學遴用編制外的專案教師就有立法等規定，而私立大專校院並無明確的法源依據？這不就突顯根本不重視私校專案教師的存活？
三、在〈教育部獎勵私立大學校院校務發展計畫要點〉的第五條之（二）之2之（6）專案教學人員的第二點規定：「全部時間擔任學校教學職務，且支給合格專任教師薪資。」換言之，專案教師的工作就是教學，這是指定任務；且專案教師是作為短期補充性人力，並未明確規範可兼任學術主管，為何專案教師還可以兼任學術或行政職務？甚至兼任主管職務高達七項？試問，那些還在擔任行政主管職務的教師，學校又該如何處理？
四、查絕大部分的私立大學校院並無固定的「編制」，所謂「編制外教師」的說法並不適用於私立大學校院。這些「專案教學人員」既依《大學法》第二十條規定的教師評審程序審議合格，又依該法第十七條「從事授課、研究及輔導」，他們就是合格而專任的「教師」。教育部管控國立大學校院的教師編制與員額也就罷了，憑什麼還要把手又伸到私立大學校院，視這些人為「非教師」？教育部是在「助校方為虐」嗎？
