教育部27日宣布，以台大校長遴選有重大利益未迴避的適法疑慮，駁回管中閔當選台大校長案，必須所有被推薦人重新回到「資格初審」的程序。台大學生會發布聲明稿表示，教育部並未針對諮詢專業小組提供的管中閔教授違法事項，與其能否繼續參與遴選之間相異處，做出明確說明，未來恐引發更多爭議。台大學生會發聲明，要求教育部作為全國最高教育主管機關，應負起責任，莫以抽象詞彙模糊說明。
台大學生會聲明中表示，教育部提及管中閔教授違法兼任獨董而不得就聘為校長、重大利益迴避之適用標準法規、管中閔教授究竟能否繼續參與臺大校長遴選等相異之處作出說明，學生會表示疑惑，並要求教育部作為全國最高教育主管機關，應負起責任，莫以抽象詞彙模糊說明。
台大學生會說，若未來重啟程序後，再度有「獨立董事與董事」關係之候選人與委員，若經遴委會決議「不須迴避」，是否當然為不合法之違法決議，教育部並未說明。
台大學生會也提出質疑，管中閔教授已辭去台哥大獨董、審計委員、薪資委員三職，蔡明興遴選委員若仍須迴避，原因為「曾經具備營利事業機構董監事關係」，還是另有其他原因？其次則是，「經濟法律上重大利益為迴避」之判斷標準，是由遴選委員會決定，還是教育部具有最終決定權？若未來重新進行遴選程序後，若由中研院周美吟副院長當選，其過程中若對遴選委員中研院廖俊智院長作出「須／不須迴避」之決議，教育部是否仍可以同樣理由駁回遴選結果，並重新進行程序？
管中閔能否再選 籲教育部說清楚
對於管中閔是否能夠再參選的重要問題，台大學生會表示，教育部所提供說明附件「小組意見」，在結論稱「管中閔違法兼職既然已經事證明確，依法自不得再參與遴選」。若果然如此，為何在「教育部對臺大校長遴選結果之說明」中隻字未提此一理由，為何教育部最終又表示「最後一切都符合程序後仍是管中閔當選，教育部會尊重」？其法律依據、見解為何不同、採認標準何在，教育部也隻字未提。
台大學生會認為，若教育部不願解釋清楚，不斷迴避問題，必將持續造成臺大學生的疑慮，並使所有高教工作者必須面對模糊的學術工作標準，對於國內研究發展及高等教育之未來發展極度不利。因此，我們呼籲教育部應負起早該承擔之責，謹慎釐清所有爭議，並對臺大學生與所有民眾清楚說明，方能解除疑慮。
最後，台大學生會強調，教育部雖已駁回管中閔教授之聘任案，但若無法釐清上述疑惑而模糊說明，爭議勢必不會就此落幕，並將使臺灣高教工作者於未來面對眾說紛紜、莫衷一是的學術標準，進而引發更多爭議。
