一九三六年，日本漢學家橋川時雄在所編《中國文化界人物總鑑》中曾為他立傳。他生平著述頗豐，治學範圍廣博，除前所述外，於訓詁、音韻、校勘、農田制度等亦有研究。主要著作有《朱子著述考》、《殷墟書契解詁》、《宋元明清學術史》、《金文世族譜》、《三統曆簡譜》、《北宋以前中國田制史》以及時論、雜文集《子馨文存》等。
二○○九年由吳其昌之女吳令華主編的皇皇五卷本《吳其昌文集》由三晉出版社出版發行。卷一《殷墟書契解詁》、卷二《金文名象疏證·兵器篇》為影印版，卷三《史學論叢上》、卷四《史學論叢下》、卷五《詩詞文在》為排印版。因其中都是專書，非一般讀者所能閱讀，因此我根據《子馨文存》刪去有關時事方面的文章，再增補一些較具可讀性而具史料價值的，而編成《吳其昌文存》一書。
《吳其昌文存》書中開卷收錄〈梁任公先生別錄拾遺〉、〈梁任公先生晚年言行記〉、〈祭梁啟超先生文〉、〈王國維先生生平及其學說〉為其追隨梁、王二師所記，他們的言傳身教猶如春風化雨，潤物無聲，卻長久地存留在吳其昌的記憶中，甚至形塑了其一生品格。其祭文滿含對任公遽爾去世的悲痛！所謂「師家北苑，門植繁李。率爾叩門，必蒙召趨。垂誨殷拳，近何所為？有何心得，復有何疑？斆治考證，得證凡幾？」師生情深，躍然紙上。而在王國維自沉頤和園昆明湖的前夜，吳其昌和趙萬里還在王國維家中敘談，豈知第二天卻聞噩耗，吳其昌是最早趕赴頤和園的，當時他「不禁大慟」，與相繼趕來的清華師生相互「唏噓不置」。此後在王國維逝世的周年，他還撰寫了〈王觀堂先生學述〉、〈王觀堂先生《尚書》講授記〉等文。十餘年後，他在〈王國維先生生平及其學說〉的演講中，充滿感情地追憶這一段師生情緣，至今讀來仍令人神往：「時梁任公先生在野，從事學術工作，執教於南開、東南兩大學。清華研究院院務本是請梁任公先生主持的。梁先生雖應約前來，同時卻深自謙抑，向校方推薦先生（按：指王國維）為首席導師，自願退居先生之後。……」。對於清華國學院的這兩位導師，吳其昌是永難忘懷的，十年後他還寫有清華園過梁、王二先師故宅詩：「三年請業此淹留，二老凋零忽十秋，感激深於羊別駕，哀歌隕涕過西洲。」師門恩義，可以想見。
而〈清華學校研究院同學剪影〉一文，乃是一九二七年夏，學生會籌印《清華同學錄》，由時任學生會副幹事之吳其昌主編。除刊有師長、同學之照片、地址外，每位學生有一篇小傳，多倩同學爲之，亦有自述或知心代筆者。其中由吳其昌執筆者十三篇，分別是：劉盼遂、程憬、王庸、周傳儒、方壯猷、聞惕、汪吟龍、侯堮、陳邦煒、戴家祥、顏虛心、陶國賢、杜綱百的小傳，並在劉節、鄭宗棨、吳金鼎、全哲四篇小傳後加上跋語，而這些「同學少年多不賤」，日後在各自不同的領域上都各有建樹。吳其昌在《清華同學錄》的〈跋〉中說：「竊念本院諸教授皆海內之大師，諸同學皆海內之英才。」而「今天下方洶洶，一旦如雲霧之散，必有求記姓名而不可得者。」因此這些小傳，在今日視之，竟是不可多得之珍貴史料，何況其文筆粲然，栩栩如生者！
