台大校長（管中閔）的不予聘任案持續延燒，雖然是教育部做出的決定，但隨著跨部會諮詢會議紀錄外洩，曾提供法律意見的法務部政務次長蔡碧仲也被流彈波及，成為特定媒體筆中的「拔管大將」。
向來低調的蔡碧仲，這次面對媒體質疑卻選擇挺身雄辯，意外讓大家看到他「律師界南霸天」的戰神本色。
點破四大不聘任的法律原因
當初教育部決定召開跨部會諮詢會議時，為了防堵消息走漏，甚至將之核定為機密（為期一年），這場機密會議做足保密防諜，連法務部的諸多幕僚都渾然不知政次蔡碧仲曾參與其中。而教育部不聘任的關鍵依據「台大校長遴選爭議案的法律研析意見」，也全都出自蔡碧仲一人之手。
這份長達十三頁的意見書左打管中閔右打台大，點破四大不聘任的法律原因。第一、教育部對國立大學校長有聘任權，得以審查監督遴選組織、程序及人選合法性，而大學自治指的是教學研究等事項，遴選校長只涉及組織事項，審查未侵害大學自治。
第二、管中閔去年六月十四日起擔任台灣大獨董、審計及薪酬委員，負責評定董事蔡明興（兼副董事長）的薪酬，和蔡有著法律及經濟上的特殊利害關係。台大事先知情卻未提供資料給遴委會，讓遴委會無從審查蔡明興（遴選委員）是否迴避及管是否適任，遴委會組成有程序瑕疵，對其他人選也不公平。
教育部處理太慢，麻煩衍生不止
第三、根據台大規定，專任教師須取得書面同意，也須完成產學合作及學術回饋金契約才能兼職。管中閔第一次僅獲准兼任獨董，卻接下審計及薪酬委員，事後才「先上車後補票」向台大提出申請，已明確違規。
第四、管擔任教職期間先違法兼職，台大又未揭露他與遴委的利益關係，因此建議不予聘任，也不得再次參加遴選。
其實去年遴選校長期間就有人向教育部檢舉此事，法界人士說：「既然是被動介入此事，指責教育部『政治卡管』並不公平！」不過，教育部在處理管案過程暴露諸多問題，不但害自己淪為箭靶，也讓火愈燒愈旺。
知情人士分析，教育部處理的動作太慢，如果一月初就介入，也不會衍生這麼多麻煩。而教育部身為主管機關，在跨部會諮詢會議上的音量卻異常小，負責研擬法規的司處也未提出具體意見，有人開會時建議找管說明，專案小組多所考量後卻決定不找管，留下無謂話柄。
提供諮詢，卻被指為「禍首」
他說，不少人強烈建議教育部讓台大打行政官司，教育部卻逕自宣布台大無法救濟，結果招來「心虛」、「掩耳盜鈴」的抨擊。
這位人士表示，教育部缺乏危機處理概念，做出決定後未妥善說明法律面，只強調依法務部意見，讓單純提供法律諮詢的蔡碧仲「公親變事主」，反而被指為禍首。全案的「豬隊友」是誰？似乎已昭然若揭。
不過，蔡碧仲雖然被迫成為管案受害者，但他卻不畏戰，反而老神在在地用法律回嗆。面對《新新聞》查證，他更信心十足地強調：「坐這個位置（法務部政次）就該有所作為，法律人講的就是『任事用法』，做對的事情不必怕擔責任。」
