黨產會26日決議，認定救國團現有財產中包括墾丁青年活動中心等61筆土地、建物及新台幣13億9449萬元為不當取得之財產，命救國團移轉為國有。救國團是否為國民黨附隨組織，第一審法院都還未宣判，黨產會就做出沒收救國團財產的行政處分，明顯違背《黨產條例》之規定。
自從《黨產條例》通過後，成立黨產會，只有針對一個目標，就是針對國民黨及其附隨組織。但是在黨產會召開多次的公聽會上，卻選擇故意忽略對救國團有利之證據，例如：內政部早已認定救國團不是國民黨附隨組織。最高法院、內政部、黨產會均認定：民國58年以前救國團是行政機構，既是行政機構就不是國民黨的附隨組織。行政院、教育部、內政部等均以公函證明：救國團財產合法正當取得，且活動中心是政府要救國團蓋的，興建活動中心，教育部雖有補助，但救國團也投入更高的資金，其後又繳交超過行政院規定的租金，何來有不當之財產而言。
在戒嚴時期，國民黨一黨獨大，早期教育部與國民黨等邀請救國團參加會議提出報告，屬於黨政運作關係，未脫離憲政體制框架，其會議記錄多是主辦單位單方片面的想法與希望，黨產會不能作為沒收財產的證據。例如國民黨61年會議記錄之附件，載有情報局葉祥之局長的訪美後相關改進建議，建議救國團布建海外細胞。依據救國團總團部秘書處處長鄭斐文表示，他訪問過很多救國團退休之主管同仁，均表示未聽聞過亦未做過，救國團在過去亦從未派學生去海外留學，故黨產會不能以片面之會議紀錄，在毫無證據確鑿之下，就作為沒收救國團財產之理由。
台北高等行政法院（北高行）審理「黨產會認定婦聯會為國民黨附隨組織一案」，因認《黨產條例》有違憲疑慮，向大法官聲請釋憲，北高行於2020年6月30日發布新聞稿認為：「黨產會取代法院判斷財產權變動，不僅非功能適當之機關，且已侵犯司法權核心。」例如《黨產條例》第4條第2款，「附隨組織：指獨立存在而由政黨實質控制其人事、財務或業務經營之法人、團體或機構；曾由政黨實質控制其人事、財務或業務經營，且非以相當對價轉讓而脫離政黨實質控制之法人、團體或機構。」前段是「現在式的附隨組織」，後段提的卻是「過去式」，若以現在的法規，去評價過去的附隨組織，有涉及溯及既往的爭議。
所謂的「轉型正義」就是新興民主國家怎樣和前朝政權算帳，北高行的法官認為即使要打破「禁止溯及既往」的原則，也應符合明確性、比例及正當法律程序，而黨產會以認定為附隨組織，就剝奪該組織財產權的方式，已是「違反正當法律程序」，而黨產條例中將「過去」與「現在」的附隨組織，給予同樣的規範，甚至讓被認定是「過去」的附隨組織更慘，已違反「比例原則」。若有財產因不法情事，登記在任何政黨或組織，應是由「原權利人或繼承人」來提刑、民或行政訴訟，如今卻設立黨產會、不問原權利人意願，就進行調查、返還、追徵，顯見黨產會已取代法院之功能與角色，以司法程序決定財產權之變動，不僅非適當之機關，且已侵犯司法權之核心，有違權力分立原則及正當法律之程序。
