全美學者協會（National Association of Scholars）2017年的報告指出，部分學校反應，孔子學院禁止在課堂上教授敏感議題，如台獨、港獨、藏獨與天安門事件，甚至在課堂上沒有言論自由。報告直指，許多大學為此做出損害學術自由與機構獨立性的讓步，甚至明文寫在合作協議上。孔子學院的強勢作風引來美國大學不滿，美國芝加哥大學（University of Chicago）2014年就在100名教授連署之下，中止與孔子學院的合約，目前已有多所大學中止與孔子學院的合約。美國聯邦調查局（FBI）局長瑞伊（Christopher Wray）今年2月在參議院的聽證會上表示，「正謹慎關注」數十個孔子學院的活動。
中國政府贊助智庫 統戰官員差點赴美智庫演說
中國還透過偽裝的智庫，滲透美國學界、政界。報告指出，標榜獨立自主，受中國海南南海研究基金會資助的非營利智庫「中美研究中心」（Institute for China-America Studies，ICAS），其實隸屬於中國政府轄下的「中國南海研究院」（NISCS），鼓吹中國在南海的立場，2015年年會曾邀請中國駐美大使崔天凱發表演說，捍衛中國在南海建造人造島礁的權益。
中國的統戰官員甚至也在中國智庫裡。今年5月，美國政府資助的威爾遜中心（Wilson Center）邀請北京的全球化智庫（CCG）創始人兼理事長王輝耀演講，談中國在美國的滲透活動。卻被美國共和黨聯邦參議員魯比歐（Marco Rubio）發信踢爆，王輝耀竟是中國統戰部「中華海外聯誼會」的常務理事，最後王輝耀並未上台演講。
