1900年5月，日本認為中國北方因義和團事變與八國聯軍的攻打而告急，無暇顧及廈門，就由內閣總理大臣山縣有朋、陸軍大臣桂太郎、台灣第四任總督兒玉源太郎，及民政長官後藤新平等四人，設計攻打廈門的計畫。
這個計畫，正是仿效義和團模式：先聲稱「暴徒縱火事件」，然後藉機出兵。發動的時間正是後藤新平抵達廈門現場指揮之後。
8月24日白天，日本武裝便衣進入廈門城和鼓浪嶼。次日，停泊在廈門港的軍艦也派出三百名海軍陸戰隊先行登陸。派出海軍陸戰隊，而不是一般海軍，目的即是海陸作戰，攻占的企圖非常明顯。
與此同時，從台灣派出的日本海軍陸戰混成部隊，也已開往廈門，企圖從台灣出兵占領廈門，並將期限訂在8月30日攻下廈門，這是早已擬好的作戰計畫。
此時廈門已經風聲鶴唳，許多居民看到日本軍占領，預感戰爭來臨，紛紛外逃避禍。
1900年8月28日，美國報紙《威奇托每日鷹報》(The Wichita Daily Eagle)在頭版上接連發表四篇與廈門有關的報道。其中一篇報道〈日本海軍陸戰隊登陸廈門〉:「紐約。8月27日。一位被派到中國從事雜誌採編與廣告的工作人員，從廈門發回消息說:『日本派出海軍陸戰隊，已經登陸三天了，而這裡既沒有挑釁，也沒有來自領事的抗議。雖然廈門本地官員早已證明他們有能力保持完美的秩序，但一座日本寺廟被縱火焚燒，成為日本人採取行動的借口。今天，有三百名日本海軍陸戰隊員登陸。城市裡充滿了緊張氣氛，數以千計的百姓正在逃離廈門。本地官員和幾位商人拜訪了美國領事館，懇請美國領事出面，勸說日本海軍陸戰隊撤退。否則，他們聲明，城市秩序不可能恢復。』」
廈門已亂成一團。而美、英、德、法等各國的使領事館為了保護僑民，更是不斷向上反映。此時，英國領事已知悉事件的背後是日方的軍事謀略，於是聯合美、德三國領事，向日本政府嚴重抗議。英、美、德也各派一艘軍艦，到廈門向日本示威。因為日本向廈門出兵，已公然違反了英美列強把義和團戰爭，限定在華北的共同約定。
就在劍拔弩張的當下，日本樞密院議長伊藤博文，眼看情勢嚴峻，他憂慮事態發展會演變英、美、德列強出面干涉，日本和諸國為敵，因而命令廈門領事、兒玉總督，中止占領廈門的計畫。為了怕命令無法貫徹，還特地命令廈門領事上野立刻回京報告。從台灣派去的軍隊，就在廈門港外折回。
日本占領廈門的計畫，終於在最後一刻，硬生生被列強的干預給頂住了。最悲哀的當然是清朝，在自己土地上，竟是靠著列強的「恐怖平衡」，才免於被侵略的命運。
