做為歷史學者，吳密察的「專業」不能說不足，畢竟他曾任國立台灣歷史博物館館長，但每到新單位總有一、二「水土不服」的爭議，比方，他初任國史館長，就爆出拒絕港澳學者調閱館藏的爭議，歷史學者汪浩就曾數度投書媒體，為國史館新制干擾學術自由表達不滿。
揭露此事的國民黨立委陳以信表示，內部員工指陳院長下令對毀損器物不得點交、不得紀錄、在修復前也不做檢視報告，要求相關人員封口，相關文件都以「最高密件」處理，吳密察嚴詞否認，「絕對沒有這樣的事。」但他却無法解釋，為什麼去年三月毀損文物迄今一年七個月，沒有報告？今年四月和五月毀毀損文物也已經半年和五個月，若非立委提出質疑，他會開記者會嗎？
曾研究國寶南遷文獻紀錄的民國文史研究者蔡登山痛陳，「在烽火連天中，裝箱搬運，不管上火車，上輪船，數以萬計的國寶，幾萬里的行程，幾次的大遷移，居然可以毫髮無損。殊不知現在僅在宮內居然摔壞數件，這可是奇蹟，並可列入世界紀錄了！」吳密察可能到現在都還不知道問題的嚴重性，做為世界知名，甚至排行前幾名的博物館，文物裝箱擺館內都會損壞，以後還敢出展嗎？而國外知名館藏還敢來台借展嗎？損毀的不只是器物，而是故宮專業。
蔡登山直言，文物損毀真相「不是院長一句話可以交代的」，簡單講，兩件沒有人為疏失的調查報告到底完成了沒有？就算不公布監視錄影帶的全過程，至少調查報告應該完整公布，另一件人為疏失造成的損壞，同樣必須完整公布調查，談求償太沉重，不論這些文物在吳密察口中「價值遠低於（拍賣）市場價格」，都不是故宮人員身家可以承擔，破成數片的器物再修復也不再是原貌，這是不可逆的破壞，故宮交代不清楚，誰還敢相信故宮每二十年一次的大盤點不出問題？誰還敢相信數位典藏不會再造成破壞？最重要的，專業水平理當遠超過北京故宮的台北故宮，難免因為這次事件被北京故宮譏笑，吳密察還能輕描淡寫「查無責任歸屬」嗎？
